硒蛋白生物信息二級數(shù)據(jù)庫的構建.pdf

1、硒蛋白生物信息二級數(shù)據(jù)庫是第一個以硒蛋白為主的生物信息數(shù)據(jù)庫.構建目的是收集硒蛋白及其基因的序列數(shù)據(jù),方便硒蛋白的核酸序列數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的共享,為公眾提供服務,同時為下一步的研究打下基礎.在硒蛋白生物信息二級數(shù)據(jù)庫的整個構建過程中,使用了面向?qū)ο蠹夹g進行分析與設計.并結合軟件工程中的理論,注重對軟件架構和設計模式的考慮.數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)使用核酸序列和蛋白質(zhì)序列兩個數(shù)據(jù)庫來分別管理核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù).使用JSP/JavaBeans技術開

2、發(fā)數(shù)據(jù)庫應用程序.其中,數(shù)據(jù)錄入程序采用C/S架構,負責將EMBL和Swiss-Prot格式的文件導入到數(shù)據(jù)庫中.數(shù)據(jù)訪問部分采取B/S架構,使用JSP Model 2模式,提供WWW服務.在程序設計過程中通過分離表示和業(yè)務,有效地降低了程序的耦合性,保證了程序的可維護性.討論并分析了在構建生物信息二級數(shù)據(jù)庫中可能會遇到的一些具有共性的問題:數(shù)據(jù)地自動獲取是第一個問題,該文給出了初步的設計思路:EJB是在企業(yè)級應用程序中常用地一項技術,