channel catfish rag1基因測序及rag1表達在淋巴細胞來源腫瘤MRD檢測中的應(yīng)用.pdf

1、第三軍醫(yī)大學碩士學位論文channelcatfishrag1基因測序及rag1表達在淋巴細胞來源腫瘤MRD檢測中的應(yīng)用姓名：公衍文申請學位級別：碩士專業(yè)：臨床檢驗診斷學指導(dǎo)教師：府偉靈20031101第三軍醫(yī)大學碩士學位論文75.提取35例淋巴細胞來源的腫瘤患者57份外周血標本中單個核細胞的基因組DNA和總RNA用RTPCR檢測rag1基因表達，用通用引物PCR聯(lián)合檢測IgH和TCRγ基因重排。提取Jurkat細胞株的基因組DNA和總R

2、NA作陽性對照。結(jié)果：1.用簡并引物擴增出三段channelcatfishrag1基因的DNA片段其序列經(jīng)BLAST分析證實。2.找到一2235bp的F，編碼744個氨基酸(G＋C)％為49.3％，起始密碼子是624位起的ATG終止密碼子是第2856位起的TGA。3.發(fā)現(xiàn)一293bp的內(nèi)含子(第228~520位堿基)，與Zebrafish和RainbowTroutrag1基因內(nèi)含子的相似率分別是49.1%和44.3%。4.BLASTN及

3、BLASTX結(jié)果顯示，所得channelcatfishrag1基因序列與其它物種rag1基因的相似性多大于70%而推導(dǎo)的氨基酸序列核心區(qū)域的相似性部分甚至大于80%。5.channelcatfish的rag1基因(去除內(nèi)含子后的序列)與zebrafish、rainbowtrout、bullshark的rag1基因cDNA全序列堿基一致的位點占43.9%(12852925)。自第1352~2925位堿基(去除內(nèi)含子后的Channelcat

4、fishrag1序列)為53.1%(8361574)，而自第1~1351位堿基為33.2%(4491351)，有非常顯著的差異(p0.01)。6.channelcatfish、zebrafish與親緣關(guān)系較遠的爪蛙、雞、鼠、兔、人的rag1基因cDNA全序列和Rag1蛋白氨基酸序列的比對結(jié)果顯示預(yù)測的channelcatfishRag1蛋白氨基酸序列中最保守的區(qū)域是第401~500位氨基酸，氨基酸一致位點達80%，而這一區(qū)域堿基一致位點

5、只占43%，兩者有非常顯著的差異（p0.001）。7.以上物種Rag1蛋白的二級結(jié)構(gòu)顯示在這一區(qū)域均為βαβ超二級結(jié)構(gòu)，并在同一位置上有一相同的較大的片層結(jié)構(gòu)。8.rag1表達檢測淋巴細胞來源腫瘤MRD的陽性率顯著高于IgH或TCRγ基因重排單獨檢測(p0.05)；rag1表達檢測和IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測MRD的陽性率分別是73.7%(4257)和68.4%(3957)，檢測限分別為2x104和1x103無顯著性差異，檢測結(jié)果

6、的一致率為80.7%(4657)；7份標本rag1表達檢測陽性而IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測陰性，4份標本IgH、TCRγ基因重排聯(lián)合檢測陽性而rag1表達檢測陰性。結(jié)論：1.首次用簡并引物成功擴增出三段序列未知的channelcatfishrag1基因的DNA片段。拼接后的序列在GenBank中的登記號是：AY423858(去除內(nèi)含子序列)，AY423859(包含內(nèi)含子序列)。2.對所獲得的channelcatfishrag1基因