全基因組選擇在櫛孔扇貝(Chlamys farreri)育種中的應(yīng)用.pdf

1、櫛孔扇貝（Chlamys farreri）是我國(guó)重要的海洋水產(chǎn)貝類，具有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。本研究構(gòu)建了櫛孔扇貝連續(xù)三代選擇群體，借助二代測(cè)序平臺(tái)，采用2b-RAD技術(shù)獲得了大量SNP位點(diǎn)，對(duì)三個(gè)世代進(jìn)行了系統(tǒng)的群體遺傳學(xué)研究。同時(shí)采用全基因組選擇和全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)針對(duì)櫛孔扇貝進(jìn)行全基因組育種值估計(jì)，QTL精細(xì)定位等。本研究將為水產(chǎn)養(yǎng)殖尤其是貝類育種方面提供寶貴的經(jīng)驗(yàn)。
　　1.櫛孔扇貝連續(xù)選擇群體的構(gòu)建
　　本章

2、節(jié)著重介紹了構(gòu)建櫛孔扇貝三個(gè)世代連續(xù)選擇群體。在一個(gè)容量為2000只扇貝的群體中采用截頭法以殼高為目的性狀上選前5％進(jìn)行選擇，兩年性成熟后繼續(xù)以殼高為候選性狀采用截頭法進(jìn)行選擇，待第三世代長(zhǎng)成一年后，測(cè)量其體尺性狀，挑取鰓絲以備DNA提取。在選擇的過(guò)程中，子代在24月齡的體尺性狀遺傳增量不明顯。
　　2.櫛孔扇貝三個(gè)連續(xù)選擇世代群體遺傳學(xué)分析
　　采用2b-RAD技術(shù)構(gòu)建了櫛孔扇貝三個(gè)世代群體共計(jì)539個(gè)扇貝的測(cè)序文庫(kù)，測(cè)序

3、數(shù)據(jù)通過(guò)分型可拿到18450個(gè)SNP標(biāo)記。對(duì)三個(gè)世代進(jìn)行群體遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，隨著世代的遞進(jìn)，群體偏離哈迪-溫伯格平衡的標(biāo)記比例為10.34％、12.64％、23.11％，香農(nóng)多樣性指數(shù)為0.0999±0.0404、0.0921±0.0388、0.0733±0.0308，近交系數(shù)為0.0256、0.0323、0.0468。通過(guò)構(gòu)建分子親緣關(guān)系矩陣發(fā)現(xiàn)無(wú)明顯塊狀聚集，F(xiàn)st檢驗(yàn)無(wú)明顯群體分化，全基因組范圍內(nèi)的連鎖不平衡檢測(cè)發(fā)現(xiàn)隨著世代的選擇

4、，LD出現(xiàn)了衰減現(xiàn)象。這說(shuō)明連續(xù)選擇對(duì)櫛孔扇貝“蓬萊紅”品種養(yǎng)殖群體的群體遺傳結(jié)構(gòu)產(chǎn)生了影響，但是群體遺傳多樣性仍維持在較高水平，可以繼續(xù)進(jìn)行群體選育。
　　3.全基因組選擇與全基因組關(guān)聯(lián)分析在櫛孔扇貝中的應(yīng)用
　　采用GBLUP，Bayes lasso，Bayes A，Bayes B四種全基因組選擇的方法對(duì)539只扇貝分別進(jìn)行了個(gè)體全基因組育種值估計(jì)及各標(biāo)記效應(yīng)的估計(jì)。結(jié)果表明四種方法估計(jì)的標(biāo)記效應(yīng)分布大致相同，可統(tǒng)一的估