基于中外豬種全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)搜尋PRRSV為主的豬病相關(guān)候選基因.pdf

1、在現(xiàn)代養(yǎng)豬業(yè)中豬病尤其是豬藍(lán)耳病對(duì)國(guó)內(nèi)外的養(yǎng)豬業(yè)造成了很大的威脅。發(fā)達(dá)國(guó)家畜牧業(yè)每年因疾病造成的經(jīng)濟(jì)損失通常為17％，而發(fā)展中國(guó)家超過(guò)了30%以上，部分區(qū)域甚至高達(dá)50%。發(fā)達(dá)國(guó)家因豬病造成的經(jīng)濟(jì)損失相對(duì)較少源于對(duì)豬的健康及抗病力的高度重視?？v觀國(guó)內(nèi)外豬抗病育種歷程，從遺傳角度通過(guò)育種措施來(lái)培育高抗病性的個(gè)體提高豬群抵抗力在育種項(xiàng)目上是可行的，不僅降低用藥和防疫費(fèi)用，也符合綠色健康養(yǎng)殖這一世界主流理念。
　　豬藍(lán)耳病存在品種差異性

2、，已被國(guó)內(nèi)外學(xué)者證實(shí)。抗病力強(qiáng)是我國(guó)多數(shù)地方豬品種所具有的優(yōu)良特性。在豬藍(lán)耳病品種差異性的研究發(fā)現(xiàn)中國(guó)地方豬與歐洲豬相比表現(xiàn)出抗病力強(qiáng)的特點(diǎn)。目前通過(guò)不同豬種對(duì)藍(lán)耳病毒抗性或者易感性的篩選開(kāi)展抗病育種尚未見(jiàn)報(bào)道，有可能是未來(lái)藍(lán)耳病防制的重要途徑之一，挖掘與鑒定更多與豬藍(lán)耳病重要相關(guān)的候選基因及致病突變位點(diǎn)任重道遠(yuǎn)。同時(shí)隨著高通量重測(cè)序技術(shù)在動(dòng)植物鄰域的廣泛應(yīng)用，如何充分利用高質(zhì)量的全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘有價(jià)值的信息亦是當(dāng)前研究的重點(diǎn)。<

3、br>　　本研究采用不同豬種全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)，根據(jù)中外豬種抗病力的差異性分成中國(guó)地方豬群體和歐洲豬群體，利用卡方檢驗(yàn)（χ2-Test）比較中外豬種群體之間 SNPs的差異顯著性，應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析位于x染色體和常染色體上中國(guó)地方豬群體與歐洲豬群體的全基因組遺傳變異，為搜尋中國(guó)地方豬優(yōu)良抗病基因、特別是豬藍(lán)耳病相關(guān)的候選基因及致病突變位點(diǎn)奠定基礎(chǔ)，為開(kāi)展豬PRRSV抗病育種提供重要的參考信息，為豬病的預(yù)防及治療提供新的研究思路。獲得

4、主要結(jié)果如下：
　　獲得主要結(jié)果如下：
　　（1）Chi-20與PigQTLdb、OMIM以及OMIA數(shù)據(jù)庫(kù)共有的中外豬種差異疾病基因五個(gè)重要基因GUSB、GALC、MYH9、SEL1L和FBN1在人類(lèi)疾病、不同動(dòng)物疾病研究以及豬藍(lán)耳病的發(fā)病過(guò)程中均有直接或者間接影響，利用中國(guó)地方豬種抗病力強(qiáng)的特點(diǎn)，可深入挖掘在具體疾病性狀中的應(yīng)用。
　　MYH9基因上同義突變位點(diǎn)G585C，為MYH9提升宿主細(xì)胞對(duì)PRRSV病毒感染

5、敏感性研究候選位點(diǎn)提供參考。
　?。?）PRRSV的中外豬種差異顯著的特定免疫基因及相關(guān)通路。七個(gè)重要基因及其位點(diǎn)：COPS5上同義突變 C693T；DARS上同義突變位點(diǎn)G252A；P4HA1上錯(cuò)義突變A771C；PSMD12上錯(cuò)義突變位點(diǎn)A1003G、同義突變位點(diǎn)T1007A、T1008A；TLR4上錯(cuò)義突變A1027C；ATP6V1H上同義突變G1080A。這些重要基因及差異位點(diǎn)可為PRRS抗病育種候選基因及致因突變位點(diǎn)的材

6、料積累；通路富集：60個(gè)特定免疫基因主要富集到溶酶體通路、Toll樣受體信號(hào)通路、肺結(jié)核、促化因子信號(hào)通路以及EB病毒感染通路。為中外豬種免疫相關(guān)的差異性通路研究，進(jìn)一步提供參考；生物學(xué)過(guò)程：60個(gè)特定免疫基因顯著的生物學(xué)功能為肺部損傷、溶酶體組織、IL-1產(chǎn)物、ERK1與ERK2聯(lián)合負(fù)調(diào)控、白細(xì)胞增生負(fù)調(diào)控、全基因組核苷酸切除修復(fù)。進(jìn)一步推動(dòng)了中外豬種免疫相關(guān)的差異性生物學(xué)過(guò)程研究。
　?。?）PRRSV的中外豬種差異顯著受體蛋

7、白基因及位點(diǎn)。SDC2基因上有錯(cuò)義突變位點(diǎn)C243T，引起第81位氨基酸由天冬酰胺變?yōu)樘於彼?。為深入研究HS介導(dǎo)PRRSV內(nèi)吞作用機(jī)制中的致因突變提供重要的參考依據(jù)。
　　（4）PRRSV的中外豬種差異顯著重要基因及位點(diǎn)Mx1基因有兩錯(cuò)義突變位點(diǎn)A1241G與C1652T，分別引起第414位氨基酸由精氨酸變?yōu)橘嚢彼岷偷?51位氨基酸由丙氨酸變?yōu)槔i氨酸，可作為抗PRRSV和抗流感病毒致因突變位點(diǎn)積累；FOS基因上兩個(gè)突變位點(diǎn)G77