基于中外豬種全基因組重測序數(shù)據(jù)搜尋PRRSV為主的豬病相關(guān)候選基因.pdf

1、在現(xiàn)代養(yǎng)豬業(yè)中豬病尤其是豬藍(lán)耳病對國內(nèi)外的養(yǎng)豬業(yè)造成了很大的威脅。發(fā)達(dá)國家畜牧業(yè)每年因疾病造成的經(jīng)濟(jì)損失通常為17％，而發(fā)展中國家超過了30%以上，部分區(qū)域甚至高達(dá)50%。發(fā)達(dá)國家因豬病造成的經(jīng)濟(jì)損失相對較少源于對豬的健康及抗病力的高度重視?？v觀國內(nèi)外豬抗病育種歷程，從遺傳角度通過育種措施來培育高抗病性的個體提高豬群抵抗力在育種項目上是可行的，不僅降低用藥和防疫費用，也符合綠色健康養(yǎng)殖這一世界主流理念。
　　豬藍(lán)耳病存在品種差異性

2、，已被國內(nèi)外學(xué)者證實?？共×?qiáng)是我國多數(shù)地方豬品種所具有的優(yōu)良特性。在豬藍(lán)耳病品種差異性的研究發(fā)現(xiàn)中國地方豬與歐洲豬相比表現(xiàn)出抗病力強(qiáng)的特點。目前通過不同豬種對藍(lán)耳病毒抗性或者易感性的篩選開展抗病育種尚未見報道，有可能是未來藍(lán)耳病防制的重要途徑之一，挖掘與鑒定更多與豬藍(lán)耳病重要相關(guān)的候選基因及致病突變位點任重道遠(yuǎn)。同時隨著高通量重測序技術(shù)在動植物鄰域的廣泛應(yīng)用，如何充分利用高質(zhì)量的全基因組重測序數(shù)據(jù)挖掘有價值的信息亦是當(dāng)前研究的重點。<

3、br>　　本研究采用不同豬種全基因組重測序數(shù)據(jù)，根據(jù)中外豬種抗病力的差異性分成中國地方豬群體和歐洲豬群體，利用卡方檢驗（χ2-Test）比較中外豬種群體之間 SNPs的差異顯著性，應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析位于x染色體和常染色體上中國地方豬群體與歐洲豬群體的全基因組遺傳變異，為搜尋中國地方豬優(yōu)良抗病基因、特別是豬藍(lán)耳病相關(guān)的候選基因及致病突變位點奠定基礎(chǔ)，為開展豬PRRSV抗病育種提供重要的參考信息，為豬病的預(yù)防及治療提供新的研究思路。獲得

4、主要結(jié)果如下：
　　獲得主要結(jié)果如下：
　?。?）Chi-20與PigQTLdb、OMIM以及OMIA數(shù)據(jù)庫共有的中外豬種差異疾病基因五個重要基因GUSB、GALC、MYH9、SEL1L和FBN1在人類疾病、不同動物疾病研究以及豬藍(lán)耳病的發(fā)病過程中均有直接或者間接影響，利用中國地方豬種抗病力強(qiáng)的特點，可深入挖掘在具體疾病性狀中的應(yīng)用。
　　MYH9基因上同義突變位點G585C，為MYH9提升宿主細(xì)胞對PRRSV病毒感染

5、敏感性研究候選位點提供參考。
　?。?）PRRSV的中外豬種差異顯著的特定免疫基因及相關(guān)通路。七個重要基因及其位點：COPS5上同義突變 C693T；DARS上同義突變位點G252A；P4HA1上錯義突變A771C；PSMD12上錯義突變位點A1003G、同義突變位點T1007A、T1008A；TLR4上錯義突變A1027C；ATP6V1H上同義突變G1080A。這些重要基因及差異位點可為PRRS抗病育種候選基因及致因突變位點的材

6、料積累；通路富集：60個特定免疫基因主要富集到溶酶體通路、Toll樣受體信號通路、肺結(jié)核、促化因子信號通路以及EB病毒感染通路。為中外豬種免疫相關(guān)的差異性通路研究，進(jìn)一步提供參考；生物學(xué)過程：60個特定免疫基因顯著的生物學(xué)功能為肺部損傷、溶酶體組織、IL-1產(chǎn)物、ERK1與ERK2聯(lián)合負(fù)調(diào)控、白細(xì)胞增生負(fù)調(diào)控、全基因組核苷酸切除修復(fù)。進(jìn)一步推動了中外豬種免疫相關(guān)的差異性生物學(xué)過程研究。
　　（3）PRRSV的中外豬種差異顯著受體蛋

7、白基因及位點。SDC2基因上有錯義突變位點C243T，引起第81位氨基酸由天冬酰胺變?yōu)樘於彼帷樯钊胙芯縃S介導(dǎo)PRRSV內(nèi)吞作用機(jī)制中的致因突變提供重要的參考依據(jù)。
　?。?）PRRSV的中外豬種差異顯著重要基因及位點Mx1基因有兩錯義突變位點A1241G與C1652T，分別引起第414位氨基酸由精氨酸變?yōu)橘嚢彼岷偷?51位氨基酸由丙氨酸變?yōu)槔i氨酸，可作為抗PRRSV和抗流感病毒致因突變位點積累；FOS基因上兩個突變位點G77