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1、利迪鏈菌素一直被作為RNA聚合酶抑制劑進(jìn)行研究,而未曾有報(bào)道指出其對(duì)HIV-1蛋白酶的抑制活性及其機(jī)理.本實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)其對(duì)HIV-1蛋白酶的生物活性具有一定程度的抑制作用.由于現(xiàn)在并沒(méi)有得到利迪鏈菌素/HIV-1蛋白酶復(fù)合物結(jié)晶,因此二者的相互作用機(jī)理并不清楚,本文用分子對(duì)接的方法對(duì)利迪鏈菌素抑制HIV-1蛋白酶活性的機(jī)理進(jìn)行了研究.從利迪鏈菌素和HIV-1蛋白酶的晶體結(jié)構(gòu)出發(fā),通過(guò)構(gòu)象搜索等過(guò)程消除了初始構(gòu)象對(duì)分子對(duì)接過(guò)程的影響.為了更準(zhǔn)
2、確地反映利迪鏈菌素分子與酶蛋白結(jié)合的情況,本文充分考慮受體活性部位的柔性,建立了初步對(duì)接一精確對(duì)接的分子對(duì)接方法,分兩步將配體與受體進(jìn)行對(duì)接.并且,在初步對(duì)接中,參考了文獻(xiàn)報(bào)道,設(shè)計(jì)了不同的受體活性部位來(lái)考察是否有結(jié)合水分子參與抑制劑與酶的結(jié)合.對(duì)一種作用方式已知的非肽類(lèi)HIV-1蛋白酶抑制劑Aha006進(jìn)行的對(duì)接研究結(jié)果顯示,分子模擬的結(jié)果與實(shí)際情況吻合的較好,證明了本文所采用的兩步對(duì)接方法的可靠性. 利迪鏈菌素與蛋白酶活性部
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