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文檔簡介
1、 表達序列標簽(EST)和基因芯片技術是功能基因組學中常用的高通量研究方法。本研究同時運用這兩種高通量技術,從基因表達整體水平研究楊樹在黑斑病菌致病過程中的抗病機制,可為楊樹抗黑斑病育種提供理論依據(jù)?! ”狙芯繉?個楊樹葉片cDNA文庫隨機挑取克隆進行5’端測序,共獲得有效EST序列20023條,并遞交至GenBank數(shù)據(jù)庫,登錄號從CX167465到CX187487。序列經(jīng)拼接后,獲得10816個UniGene,其中3734個Co
2、ntig,7082個Singletons。8853個具有同源性匹配序列的基因中,按照GO的分子功能、生物過程和細胞組分三個不同分類角度分類,被賦予功能的基因數(shù)累計達21100個。經(jīng)對所有具有功能的基因研究發(fā)現(xiàn),有兩類基因的含量較高,一類是楊樹葉片組織特異性相關的基因,另一類是楊樹葉片受外界脅迫表達的抗逆相關基因?! ≡诒緦嶒瀼?734個Contigs中得到94個堿基替代型侯選SNP,39個插入缺失型侯選SNP。利用SSRFinder軟
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