應(yīng)用新一代測序技術(shù)研究中國人群遺傳性視網(wǎng)膜變性的致病基因.pdf

1、目的：遺傳性視網(wǎng)膜變性（Inherited retinal dystrophy，IRD）是一類由于基因突變引起的視網(wǎng)膜退行性疾病，是導(dǎo)致中青年不可逆盲的主要原因之一，其發(fā)病率約為1/3000至1/4000。由于IRD具有顯著的臨床異質(zhì)性和遺傳異質(zhì)性，IRD患者致病基因的鑒定一直是領(lǐng)域內(nèi)重點和難點之一。根據(jù)其臨床表型的特點，遺傳性視網(wǎng)膜變性可以分為兩大類，非綜合征性 IRD和綜合征性 IRD，兩大類又分別包括了數(shù)十種亞型。按照遺傳方式可將

2、 IRD分為常染色體隱性遺傳，常染色體顯性遺傳和 X染色體連鎖遺傳。新一代測序技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展，顯著地提升了遺傳性視網(wǎng)膜變性的基因檢測效率和檢出率。其中，目標(biāo)區(qū)域捕獲測序?qū)τ跈z測已知致病基因具有最高的性價比，是目前使用最廣泛的檢測手段。在本課題中，我們利用目標(biāo)區(qū)域捕獲測序技術(shù)，對中國人群 IRD患者進行基因篩查，探究中國IRD人群的突變頻譜，并進行基因型-表型的關(guān)聯(lián)分析研究。
　　方法：共收集179例遺傳性視網(wǎng)膜變性家系，并對先證

3、者進行了全面的眼科檢查，抽取患者及部分家屬的的外周靜脈血進行基因組DNA提取。我們設(shè)計了一種包含252個候選致病基因的捕獲芯片，并對所有的先證者進行了目標(biāo)區(qū)域捕獲測序。再經(jīng)過生物信息學(xué)分析、Sanger測序驗證、家系共分離驗證和綜合性的變異致病性分析，以發(fā)現(xiàn)患者的致病基因。
　　結(jié)果：在其中99個家系里面發(fā)現(xiàn)了致病的基因突變（檢出率55.3％，99/179）。我們總共發(fā)現(xiàn)了124個不同的基因突變，其中79個突變?yōu)楸狙芯渴状螆蟮馈Ｔ?/p>

4、這79個首次報道的突變里面，有42個突變（53.2%）的類型為無義突變、移碼突變或者剪切位點突變，導(dǎo)致蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能的嚴(yán)重異常。本研究中納入的總共179個遺傳性視網(wǎng)膜變性家系中，按照家系特征分類，包括了127個散發(fā)病例（71%），34個常染色體隱性遺傳家系（19%），12個常染色體顯性遺傳家系（7%）以及6個X染色體連鎖遺傳家系（3%）。統(tǒng)計結(jié)果顯示，散發(fā)病例的基因突變檢出率為50%（63/127），常染色體隱性遺傳家系的基因突變檢出率

5、為71%（24/34），常染色體顯性遺傳家系的基因突變檢出率為67%（8/12），X染色體連鎖遺傳家系的基因突變檢出率為67%（4/6），匯總后整體的基因突變檢出率為55%（99/179）。其中，有26個家系為近親結(jié)婚家系，其基因突變檢出率為73%（19/26）。
　　結(jié)論：利用目標(biāo)區(qū)域捕獲測序技術(shù)對179個遺傳性視網(wǎng)膜變性家系進行了基因篩查，最終明確了其中99個家系的致病基因，檢出率達到55%。我們總共發(fā)現(xiàn)了124個不同的基因突