蛋白質(zhì)磷酸化模式挖掘算法研究.pdf

1、磷酸化模式代表了位于磷酸化位點(diǎn)周圍具有位置特殊性的氨基酸序列。鑒于磷酸化模式可以用于研究磷酸化相關(guān)的基本調(diào)解機(jī)制以及磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)等相關(guān)問題，因而有很重要的研究?jī)r(jià)值。近年來，串聯(lián)質(zhì)譜等高通量技術(shù)的廣泛應(yīng)用，大大促進(jìn)了磷酸化研究的發(fā)展，大量磷酸化位點(diǎn)的相關(guān)信息已經(jīng)記入相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫，這些豐富的數(shù)據(jù)使得用計(jì)算機(jī)算法進(jìn)行磷酸化模式挖掘成為可能。目前已經(jīng)提出的若干磷酸化模式的挖掘算法包括:Motif-X，MoDL，Motif-All，F(xiàn)-Moti

2、f，MMFPh等。盡管這些方法都能挖掘出一定數(shù)量的磷酸化模式，然而如何高效的挖掘出所有統(tǒng)計(jì)顯著且沒有冗余的模式依然沒有徹底解決。
　　本文提出兩類解決磷酸化模式挖掘的方法。第一類方法提出了一個(gè)新的磷酸化模式挖掘問題定義:條件磷酸化模式挖掘，并給出了針對(duì)該問題的一個(gè)挖掘算法C-Motif。該方法相對(duì)于MMFPh和Motif-All，既保證了模式的完整性，在挖掘過程中又去掉了子模式對(duì)父模式帶來的影響，而且效率較高。第二類方法從準(zhǔn)確評(píng)估