新型SNP檢測(cè)芯片的制備及其在惡性血液病相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)度檢測(cè)中的應(yīng)用.pdf

1、目的：制備一種新型的單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)檢測(cè)芯片，并以此研究5，10-亞甲基四氫葉酸還原酶(5，10-methylenetetrahydrofolatereductase，MTHFR)基因SNP與中國(guó)人群惡性血液病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)系。 方法：根據(jù)cDNA芯片原理制作一種目的基因芯片，利用雙色熒光探針雜交進(jìn)行SNP位點(diǎn)檢測(cè)，測(cè)序法對(duì)該芯片檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性進(jìn)行驗(yàn)證。在新型SN

2、P檢測(cè)芯片的制備中對(duì)三種表面功能化的基片：氨基玻片、醛基玻片和多聚賴氨酸玻片的DNA固定效率進(jìn)行了比較。對(duì)紫外交連強(qiáng)度和點(diǎn)樣的DNA濃度進(jìn)行了優(yōu)化。并使用制備的芯片對(duì)來(lái)自中國(guó)江蘇地區(qū)的157例健康對(duì)照和127例惡性血液病患者[30例多發(fā)性骨髓瘤(MM)，28例非霍奇金淋巴瘤(NHL)，22例急性淋巴細(xì)胞白血病(ALL)，40例急性髓系白血病(AML)，7例慢性髓系白血病(CML)]的MTHFR基因C677T和A1298C兩個(gè)多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行

3、檢測(cè)。 結(jié)果：根據(jù)固定效率，氨基玻片被選擇為芯片基片。紫外交聯(lián)強(qiáng)度為400mJ，點(diǎn)樣用的DNA濃度為300μg/ml時(shí)，信號(hào)強(qiáng)度最好。野生型、雜合型和突變型的疊加熒光分別顯示為綠色、黃色和紅色。測(cè)序結(jié)果與芯片結(jié)果吻合。MTHFRC677T的C、T等位基因頻率在患者組和對(duì)照組中分別為58.7％、41.3％和66.9％、33.1％；677CC、677CT、677TT基因型頻率在兩組中分別為37.8％、41.7％、20.5％和45.9

4、％、42.0％、12.1％。MTHFRA1298C的A、C等位基因頻率在患者組和對(duì)照組中分別為83.1％、16.9％和84.1％、15.9％；1298AA、1298AC、1298CC基因型頻率在兩組中分別為70.9％、24.4％、4.7％和69.4％、29.3％、1.3％。其中，677C、T在兩組中分布有顯著差異(x2=4.08，P=.043)。整體多因素分析未發(fā)現(xiàn)何種基因型與惡性血液病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)，但MM組中的677TT(33.3％

5、)和1298CC(6.7％)基因型頻率均明顯高于對(duì)照組，差異有顯著性(OR8.92，95％CI1.06-75.24，P=.006；OR=4.80，95％CI1.56-14.73，P=.044)。未發(fā)現(xiàn)何種基因型與ALL、AML和NHL的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)。 結(jié)論：該芯片檢測(cè)方法準(zhǔn)確、高通量且價(jià)格低廉，適用于大規(guī)模樣本SNP調(diào)查。MTHFRSNP影響中國(guó)人群的惡性血液病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)，MTHFR677TT和MTHFR1298CC基因型對(duì)MM