功能SNP高通量檢測(cè)芯片的制備及其在胃癌遺傳易感性研究中的應(yīng)用.pdf

1、本課題發(fā)展了一種基于基因微陣列技術(shù)，使用雙色熒光雜交的方法進(jìn)行SNP分型的檢測(cè)芯片。在功能SNP檢測(cè)芯片的制備中使用了三種表面功能化的基片：氨基玻片、醛基玻片和多聚賴氨酸玻片。通過(guò)對(duì)三種玻片固定效率的檢測(cè)，確定使用氨基玻片作為以后研究的基片。為了得到較強(qiáng)的雜交信號(hào)，進(jìn)一步對(duì)PCR產(chǎn)物在氨基玻片表面的固定條件進(jìn)行了優(yōu)化。實(shí)驗(yàn)表明，當(dāng)使用氨基玻片作為基片時(shí)，點(diǎn)樣用的DNA濃度為300μg/ml，紫外交聯(lián)強(qiáng)度為400mJ時(shí)效果最好。通過(guò)RFL

2、P和測(cè)序的方法對(duì)分型結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)功能SNP檢測(cè)芯片分型結(jié)果準(zhǔn)確、可靠，并且可以對(duì)大量樣本同時(shí)進(jìn)行高通量的SNP分型。利用功能SNP高通量檢測(cè)芯片，研究MTHFR基因多態(tài)性與胃癌的遺傳易感性的相關(guān)性。檢測(cè)了江蘇地區(qū)170名胃癌患者和相匹配的140名健康人MTHFR基因的C677T和A1298C多態(tài)情況，并加以統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果顯示在正常對(duì)照中MTHFR基因677CC、CT、TT基因型頻率分別為47.9％、40％和12.1％，而在胃癌病人

3、中分別為35.9％、45.9％和18.2％。在病例組中677(CT+TT)變異型基因者占64.1％，顯著高于對(duì)照組中的52.1％，差異具有顯著意義(X2為4.54，P＜0.05)。與677CC基因型者相比變異型基因者和TT型基因者發(fā)生胃癌的危險(xiǎn)性分別高1.67倍(OR1.67,95％Cl：1.06-2.64)和2.67倍(OR2.67,95％Cl：1.382-5.341)。A1298C基因型在病例和對(duì)照中的分布差異無(wú)顯著性意義。但進(jìn)一步