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1、東南大學碩士學位論文面向高通量測序的基因組信息可視化技術(shù)研究姓名:江棟科申請學位級別:碩士專業(yè):生物醫(yī)學工程;生物信息學指導教師:孫嘯20110602AbstractThesisTitle:VisualizationTechnologyResearchofGenomeInformationBasedonHighThronghputSequencingMACandidate:JiangDongkeSupervisor:ProSunXiao
2、Institution:SoutheastUniversityWiththedevelopmentofhighthroughputsequencingtechnologyand1000Genomesproject,individualtreatmentisbecomingmoreandmorepracticalIndividualtreatmentdependsonunderstandingindividualgenomesequenc
3、e,analyzingindividualinheritance,searchingmutationsites,discoveringgenesrelatedtodiseaseandpredictingindividualdiseasesusceptibilityPeoplearealwayscaringabouttherelationshipofdisease,geneandmutationWiththequickdevelopmen
4、tofhighthroughputsequencingtechnologytounderstandthatrelationshipbecomesmoredifficultbecauseresearchershavetofacemassdataTohelpresearcherstosolvethisproblem,thisstudywilldiveintothevisualizationtechnologyresearchofgenome
5、informationbasedonhighthroughputsequencingTomeetthisstudy’SrequestwebuilddatabasebasedonwebdevelopenvironmentLAMPTlliSdatabasecollectsinfcrmationof189764genes,18830pairsofrelationshipbetween0MIMandgene,13403pairsofrelati
6、onshipbetweenoMIMandSHIP25311498SNPS101605SVsand24chromosomesW色carefullyselectandcollectallkindsofinformationthenarrangeandimportintodatabaseThedatabase’SsUucRlreiswelldesignedandoptimizedAtlastwebuildGBrowsevisualizatio
7、nwebplatformandprovideannotationandsearchingmethodsforthedatainGBrowseTomaketheresearchofdiseaseandgeneeasywesetupGeneNavi,thevisualizationqueryplatformfordiseaseandgeneUsersCaninputgenes,oMIMnumbersordiseasenamestogetre
8、latedgeneinformationreportThereportprovideanavigationmapandageneannotationlisttheyCanbothprovideconvenientvisualizationtoolandIinkstodetailedannotationsWemakeAutismforexampletheshowtheprocessofinformationintegrationThenw
9、euseGeneNavitobuildailautismgenedatabasewi廿l292genes,thisistheautismgenedatabasewhichhasthemostgenesT0打ytoaccomplishindividualtreatmentwedesignindividualgenomevariationinformationvisualizationanalysisplatformwhichprovide
10、sseveralfunctionslikevariationqueryvariationcheckvariationanalysisanddiseasepredictionThesearealloriginalfunctionsWetaketheindividualsequencingdatain1000GenomesProjeaaSanexampletoshowhowtogetSNPandrelatedOMIMinformationI
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