牦?；蚪M微衛(wèi)星挖掘與篩選驗證.pdf

1、牦牛（ Bos grunnines），屬哺乳綱（ Mammalia）偶蹄目（ Artiodactyla）牛科（ Bovidae）牛屬（ Bos），牦牛染色體核型為2n=60，基因組中共包含2,645.15 Mb堿基信息。本研究在已公布的野生牦?；蚪M測序基礎上做了以下實驗：對野生牦?；蚪M部分微衛(wèi)星序列特征進行分析與統(tǒng)計；以麥洼牦牛為樣本篩選多態(tài)性微衛(wèi)星標記；利用成功篩選的微衛(wèi)星標記對麥洼牦?，F(xiàn)有群體遺傳多樣性和種群遺傳結構進行了研究。

2、主要研究結果如下：
　　1.牦牛基因組微衛(wèi)星重復序列特征分析
　　通過對野牦牛部分基因組，即251540707 bp(占全基因組的9.51％)的序列進行微衛(wèi)星序列搜索，共找到43409個微衛(wèi)星重復序列位點，根據(jù)結構分析發(fā)現(xiàn)連續(xù)型微衛(wèi)星位點的數(shù)量有42063個，占到總數(shù)的96.734%，間斷型微衛(wèi)星位點數(shù)量（1009個）占總數(shù)的2.320%，復合型微衛(wèi)星位點最少(411個)，僅占總數(shù)的0.945%；根據(jù)重復單元分為二堿基重復、

3、三堿基重復、四堿基重復、五堿基重復。分析發(fā)現(xiàn)，在野牦?；蚪M中五堿基的總量最多，為16787個，占總量的38.59%；其次二堿基的總數(shù)量是12377個，占28.45%；三堿基的數(shù)量為9466個，占21.76%；最后是四堿基和六堿基，六堿基的含量最少，僅占總量的2.33%。緊接著又對連續(xù)型的各重復單元進行細致分析， AC(AC/CA/TG/GT)、 AGC(TCG)、AAAT(TTTA)、ACTGA（ TGACT）、TGAAAG(ACTT

4、TC)分別是在二堿基重復、三堿基重復、四堿基重復、五堿基重復、六堿基重復類型中含量最高的微衛(wèi)星重復，分別占其對應總量的60.15%、31.04%、18.36%、19.36%和11.05%。
　　2.利用麥洼牦牛篩選驗證從基因組獲得的微衛(wèi)星
　　從基因組獲得的微衛(wèi)星序列中篩選出適合引物設計的序列，在其核心序列的兩側翼上設計引物，然后利用麥洼牦?；蚪M DNA為模板進行微衛(wèi)星位點擴增，通過聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測篩選具有多態(tài)性的微

5、衛(wèi)星標記。在本研究中，共設計了470對微衛(wèi)星引物，共成功篩選了77對微衛(wèi)星引物，其中包含35個二堿基重復位點、15個三堿基重復位點、15個四堿基重復位點、12個五堿基重復位點，篩選成功比率分別為46.1%、31.9%、33.3%、30%。挑選出具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點的樣本送出測序，其結果驗證了實驗的正確性。
　　3.麥洼牦牛微衛(wèi)星位點的遺傳結構和群體分析
　　實驗篩選出的77對引物，分別對191個麥洼牦?；蚪M DNA樣本進

6、行位點擴增，通過使用聚丙烯酰胺凝膠實驗或毛細管電泳實驗對瓊脂糖效果明顯的個體進行基因分型，得到的基因型數(shù)據(jù)通過Cervus3.0和 Genepop4.2軟件進行位點多態(tài)性分析，并使用 Structure3.0軟件對麥洼牦牛群體遺傳分化特征進行分析。二堿基、三堿基、四堿基、五堿基微衛(wèi)星位點的平均等位基因位點數(shù)(N)分別為10.943、9.267、4.2、2.75個，平均觀測雜合度(Ho)分別為0.7346、0.5041、0.4191、0.

7、3830，平均期望雜合度(He)分別為0.7921、0.8152、0.5814、0.4501，平均多態(tài)位點含量(PIC)分別為0.7617、0.7831、0.5130、0.3652。大部分的微衛(wèi)星標記具有高度多態(tài)性(40個， PIC>0.5)，中度多態(tài)性有28個(0.25