三侏不同禽源新城疫病毒的全基因組序列測(cè)定與分析.pdf

1、新城疫是由新城疫病毒引起的主要侵害禽類的一種急性、熱性、高度接觸性傳染病。該病是全球范圍內(nèi)最嚴(yán)重的禽類傳染病之一，嚴(yán)重威脅養(yǎng)禽業(yè)的發(fā)展。其病原新城疫病毒是有囊膜的單股負(fù)鏈RNA病毒。病毒基因組全長(zhǎng)15Kb，包含六個(gè)串聯(lián)排列的基因，依次為3'-NP-P-M-F-HN-L-5'，分別編碼核衣殼蛋白(NP)、磷蛋白(P)、基質(zhì)蛋白(M)、融合蛋白(F)、血凝素-神經(jīng)氨酸酶(HN)和大分子蛋白(L)。
　　 本研究根據(jù)GenBank上已

2、公布的新城疫病毒的全基因組序列設(shè)計(jì)10對(duì)引物，分別以安徽鳳陽新城疫病毒雞源分離株WF00C、鴨源分離株WF00D及鵝源分離株WF00G的基因組RNA為模板，通過RT-PCR的方法擴(kuò)增出各目的片段，與pMD18-T載體連接后轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞DH5a，挑取PCR鑒定正確的陽性克隆送公司測(cè)序。用DNASTAR軟件對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接，得到了WF00C、WF00D及WF00G的全基因組序列，并從全基因組序列同源性、基因組結(jié)構(gòu)、np基因末端的核苷酸

3、序列、各基因遺傳進(jìn)化情況、各基因核苷酸及氨基酸序列同源性、Leader序列和Trailer序列同源性等方面對(duì)WF00C、WF00D、WF00G及其它NDV參考毒株進(jìn)行比較分析。結(jié)果表明，WF00C、WF00D及WF00G的全基因組序列全長(zhǎng)均為15192nt，與ZJ1、NA-1等毒株的基因組長(zhǎng)度相同，比傳統(tǒng)毒株LaSota、B1、Clone30等的基因組長(zhǎng)6個(gè)核苷酸。WF00D、WF00C、WF00G的親緣關(guān)系很近，尤以WF00D和WF0

4、0G的親緣關(guān)系最近。WF00D、WF00C、WF00G在基因型分類上均歸屬于基因Ⅶ型，與同屬于基因Ⅶ型的國(guó)內(nèi)當(dāng)前流行株ZJ1、NA-1、SF02、FMW等親緣關(guān)系近，而與基因Ⅱ型的傳統(tǒng)疫苗株或弱毒株LaSota、B1、Clone30和基因Ⅸ型的國(guó)內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)強(qiáng)毒株F48E8親緣關(guān)系遠(yuǎn)。NDV流行株與傳統(tǒng)疫苗株之間已發(fā)生較大差異。NDV基因組結(jié)構(gòu)在遺傳進(jìn)化上高度保守?；蚪M的演化是在整體水平上進(jìn)行的，l基因在病毒演化過程中保守性高，而p基因的保

5、守性較差。NDV各毒株的3'端調(diào)控區(qū)同源性較高，而5'端調(diào)控區(qū)同源性較低。WF00C、WF00D及WF00G的各基因核苷酸的堿基突變多為C-T之間或者是A-G之間的轉(zhuǎn)換，引起的大部分為同義突變。
　　 本研究測(cè)定了WF00D、WF00C、WF00G的全基因組序列并在分子水平上研究了它們的遺傳變異情況、進(jìn)化關(guān)系、分類地位及毒力差異的原因，為研究NDV的種間傳播的分子機(jī)制，揭示NDV的演化規(guī)律奠定基礎(chǔ);為NDV的分子流行病學(xué)調(diào)查提供