岷江百合花發(fā)育全長cDNA文庫的構(gòu)建及EST-SSR標(biāo)記的建立.pdf

1、我國百合屬植物不僅種類繁多，而且具有豐富的花色、花型變異。其中岷江百合原產(chǎn)于我國四川省岷江地區(qū).植株高80-120 cm，強(qiáng)健耐寒.花喇叭狀，花香，耐堿性石灰土，喜半陰，但又耐曬，花色從淡紅到純白至深黃變異豐富。歷史上由她作親本獲得了許多生長勢強(qiáng)健而花色艷麗、花型優(yōu)美的雜種百合系列。目前，岷江百合是復(fù)壯我國食用百合種群以及抗病毒、耐干旱、鹽堿觀賞百合新品種種質(zhì)創(chuàng)新的重要優(yōu)良親本。同時(shí)，岷江百合野生型也是國際上百合的基因組學(xué)研究的重要材料

2、。 以cDNA文庫為基礎(chǔ)的ESTs(Expressed Sequence Tags，表達(dá)序列標(biāo)簽)技術(shù)是一種快速地進(jìn)行基因功能分析及發(fā)現(xiàn)新基因的有效方法。為了開展識別和分離花色、花型、花藥發(fā)育相關(guān)基因研究，本文構(gòu)建了岷江百合的花發(fā)育全長cDNA文庫，并對該文庫為材料進(jìn)行EST測序和生物信息學(xué)分析。 數(shù)量急劇增加的EST為分子標(biāo)記的開發(fā)提供了寶貴的資源。與來自基因組DNA開發(fā)的傳統(tǒng)標(biāo)記相比，以EST為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記是一種新

3、型分子標(biāo)記，具有顯著的優(yōu)勢。本文以已知的百合EST信息為基礎(chǔ)，分析了其中SSR序列信息，首次嘗試進(jìn)行百合EST-SSR標(biāo)記建立與開發(fā)。為百合育種的研究在分子水平上提供了一些信息參考。 通過以上實(shí)驗(yàn)，主要取得如下研究結(jié)果： 1.全長cDNA文庫的構(gòu)建 以不同發(fā)育階段的岷江百合花為建庫材料，提取總RNA，等量混合作為反轉(zhuǎn)錄模板。用SMARTWcDNALibrary Construction Kit首次構(gòu)建岷江百合花發(fā)

4、育全長cDNA文庫。得到原始文庫滴度9.8×105pfu/mL，擴(kuò)增文庫滴度5.6×109pfu/mL，重組率95.1％，插入片段在0.5 kb到2.0 kb之間，多在0.8 kb左右。 2.EST序列測定與分析 從岷江自合花文庫隨機(jī)挑去45個(gè)克隆進(jìn)行測序，測序原始序列通過初步的諸如去載序列、重復(fù)序列、聚類、拼接后，共獲得37個(gè)高質(zhì)量的ESTs序列，通過GenBank已知序列進(jìn)行BlastN比對分析，13條序列與GenB

5、ank上公布的序列有較高的同源性；BlastX的比對結(jié)果：22條ESTs是有功能注解的序列；使用AmiGO數(shù)據(jù)庫進(jìn)行GO注釋后，其中有注解的序列有18條占ESTs總數(shù)的51.4％。注解的結(jié)果表明：該物種所測得的ESTs在翻譯水平上的基因產(chǎn)物是很豐富的。 3.EST-SSR標(biāo)記的建立 在NCBI的EST數(shù)據(jù)庫1688條百合EST中檢索到98條含有101個(gè)SSR的序列，SSR的檢出率為5.98％，其中三核苷酸重復(fù)類型占主導(dǎo)地