中國4個(gè)省份馬鈴薯Y病毒(PVY)P1基因的群體遺傳結(jié)構(gòu).pdf

1、馬鈴薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）是大多數(shù)馬鈴薯產(chǎn)地最常見和危害較大的病毒之一，具有變異率高、株系嚴(yán)重分化等特點(diǎn)。開展病毒的群體遺傳結(jié)構(gòu)研究，有助于了解病害的流行趨勢；深入研究PVY群體遺傳結(jié)構(gòu)，對于有效選育和使用抗病品種乃至持續(xù)控制病害也具有重要意義。
　　本研究從福建、湖南、山東和云南4個(gè)省份采集具有典型PVY癥狀的病株擴(kuò)增、克隆和測序獲得了134條PVY P1基因核苷酸序列。遺傳多樣性分析顯示福建和湖南群體

2、的核苷酸多樣性較高，分別為0.1315和0.1332。云南群體和山東群體之間分化不顯著，但其和福建、湖南兩個(gè)群體間的分化非常顯著，且4個(gè)群體之間存在頻繁的基因流。P1基因的序列一致性分析顯示4個(gè)群體的PVY分離物P1基因序列與7個(gè)PVY不同株系的參考序列一致性為72-99％，超過了Potyvirus劃分種的閾值。P1基因核苷酸序列長度為825bp，4個(gè)群體的P1基因中有399個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，其中283個(gè)為簡約信息位點(diǎn)，116個(gè)為單一變異位

3、點(diǎn)，表明PVY P1基因序列高度變異。重組分析發(fā)現(xiàn)134條序列中87條序列均檢測到1-2個(gè)重組位點(diǎn)（Recombinant Junction，RJ）。選擇壓力分析顯示P1基因的ω值大于1,表明P1基因所承受選擇壓力的總體趨勢為正向選擇。FEL、IFEL和MEME三種選擇方法均檢測到數(shù)量不等的正向選擇位點(diǎn)。為揭示P1基因的分子進(jìn)化，從134條序列中隨機(jī)選取16條序列使用貝葉斯法（BI）重建系統(tǒng)發(fā)育樹并對P1蛋白的功能域及空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，

4、結(jié)果顯示不同分離物的P1基因序列聚為3個(gè)簇，分別為O Clade、N Clade和N×O Clade，其對應(yīng)的卷曲結(jié)構(gòu)（Coied-coil domain）和空間結(jié)構(gòu)也不相同，表明不同基因型的P1基因在系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分化較大。同時(shí)，通過系統(tǒng)發(fā)育與性狀關(guān)聯(lián)分析（Phylogeny-trait association analysis）對進(jìn)行寄主和地區(qū)適應(yīng)性檢驗(yàn)，結(jié)果顯示來自不同寄主和地區(qū)的PVY群體均分化顯著，表明寄主和自然環(huán)境的選擇壓力是