多重檢驗(yàn)技術(shù)及其在微陣列數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用.pdf

1、多重檢驗(yàn)是數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析的一種重要手段，其在生物信息學(xué)、基因組學(xué)等方面有著大量的應(yīng)用。本文探討多重檢驗(yàn)技術(shù)中錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率控制及正確原假設(shè)比例估計(jì)兩類問(wèn)題，并且將它們用于微陣列數(shù)據(jù)差異基因的篩選。
　　本文首先在給出多重檢驗(yàn)相關(guān)理論的基礎(chǔ)上，指出在多重檢驗(yàn)中最重要的是控制犯第一類錯(cuò)誤的概率，這一類問(wèn)題主要通過(guò)控制FWER和FDR兩個(gè)測(cè)度來(lái)解決。FWER作為傳統(tǒng)的控制方法過(guò)于保守，Benjanimi&Hochberg(1995)提出的F

2、DR標(biāo)準(zhǔn)緩解了FWER取值過(guò)于嚴(yán)格的問(wèn)題，并且在檢驗(yàn)兩個(gè)總體是否具有明顯差異的問(wèn)題上更具優(yōu)勢(shì)。本文對(duì)四類能有效控制FDR的算法進(jìn)行深入研究，以控制FWER的Bonferroni算法作為其他算法比較的基準(zhǔn)，使用模擬數(shù)據(jù)對(duì)各種控制算法進(jìn)行比較，并且對(duì)原始p值進(jìn)行優(yōu)化調(diào)整，在新的p值集合下比較每種錯(cuò)誤率控制方法的功效大小。模擬結(jié)果顯示q值方法可以在很好的控制FDR的同時(shí)保持最高的檢驗(yàn)功效。
　　正確又有效的估計(jì)原假設(shè)比例m0是多重檢驗(yàn)中

3、的一項(xiàng)重要任務(wù)，本文通過(guò)模擬實(shí)驗(yàn)比較了幾種主要的正確原假設(shè)比例m0估計(jì)方法，并且對(duì)Jiang&Doerge(2008)提出的均值法提出改進(jìn)，用三次樣條法取代原來(lái)的bootstrap法來(lái)劃分估計(jì)區(qū)間，進(jìn)行模擬實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明同比李偉(2014)的樣條平滑估計(jì)方法，本文提出的方法能夠更為準(zhǔn)確地估計(jì)m0。再者，本文使用Hendenfalk(2001)報(bào)告的乳腺癌數(shù)據(jù)以及Feng Pan,Tie-Lin Yang.et al(2009)文中的B細(xì)