聚電解質(zhì)及生物大分子的相轉(zhuǎn)變和分子間相互作用的研究.pdf

1、基因表達調(diào)控是當今分子生物學研究的中心內(nèi)容之一。在整個基因表達調(diào)控過程中，充滿著蛋白質(zhì)-核酸及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的問題，涉及生命現(xiàn)象的最本質(zhì)內(nèi)容。因此，生物大分子的研究，特別是蛋白質(zhì)-核酸相互作用體系的研究，正從根本上全面地推動著生命科學的發(fā)展。而在計算機上模擬研究蛋白質(zhì)-核酸作用的時候，勢能函數(shù)的精準是一個很重要的基礎。 我們在DFIRE的基礎上減短了統(tǒng)計距離，使用了更全面的原子類型，并使用了以貝葉斯統(tǒng)計原理為基礎的背景統(tǒng)

2、計小數(shù)修正和為了區(qū)分蛋白質(zhì)核酸原子類型的體積分數(shù)修正，從而得到了一種更先進的蛋白質(zhì)核酸作用的基于知識的統(tǒng)計勢函數(shù)。在從核酸的Threading，蛋白質(zhì)核酸對接，自然態(tài)堿基的還原能力，堿基結(jié)合能力矩陣與實驗對比等各方面驗證了它對別的方法的優(yōu)勢。 本文的第三章，對使用小世界網(wǎng)絡理論來建立用于研究蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模型進行了一些探索，研究結(jié)果表明不同的蛋白質(zhì)自然態(tài)經(jīng)過粗?；玫降娜S結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡的屬性有一定的規(guī)律性，將來可以被用來建立研究蛋

3、白質(zhì)的新方法。 本文的第四章使用多正則系綜的Monte Carlo方法模擬了6個珠子的聚兩性電解質(zhì)鏈低溫下的熱力學性質(zhì)。結(jié)果表明單體上的電荷的數(shù)量和序列對聚兩性電解質(zhì)鏈的轉(zhuǎn)變行為具有深遠的影響。對于隨機分布的帶電單體，由于單體移動的被限制而且鏈可以更直接達到固態(tài)，帶有相反電荷的單體在塌縮中總會粘在一起。有趣的是，對于電荷序列是安排好的單體，鏈也許可以有一個類蛋白的非退化態(tài)，也就是說，這種鏈是可設計的。這種聚兩性電解質(zhì)鏈的轉(zhuǎn)變看起