滸苔的線粒體、葉綠體基因組研究及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的SSR分子標記開發(fā).pdf

1、綠潮（Green Tides）是一種大型海藻在海域大規(guī)模增殖的生態(tài)異?，F(xiàn)象。自2008年青島奧帆賽暴發(fā)了舉世矚目的黃海綠潮以來，越來越多的國內(nèi)外研究學者投身到綠潮藻的研究中去。目前雖然國內(nèi)外研究對綠潮藻滸苔的生理生化特征、生活史及繁殖能力、營養(yǎng)成分等方面已經(jīng)完成了很全面的分析并且得到了相當豐富的研究成果。但是對于滸苔的細胞器基因組，轉(zhuǎn)錄組組學方面的研究工作相對進行得比較少。
　　本研究擬針對綠潮藻滸苔的葉綠體基因組的研究工作的空白

2、狀態(tài)，完成對滸苔線粒體和葉綠體基因組的測序和分析，揭示綠潮藻種類之間的進化關(guān)系，從基因組學的角度闡述綠潮藻的特征。同時，又依靠了滸苔轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)支持，開發(fā) SSR分子標記，為綠潮藻親緣關(guān)系和遺傳距離的研究打下了基礎(chǔ)。研究成果如下：
　　1.完成了滸苔線粒體基因組的測序組裝及分析
　　滸苔的線粒體基因組大小為61962bp，為單鏈編碼環(huán)狀DNA分子。GC含量33.9％共含有29個蛋白質(zhì)編碼基因、21個轉(zhuǎn)運RNA基因和2個核糖體

3、RNA基因。通過系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建分析，闡明了滸苔的遺傳地位。
　　2.完成了滸苔葉綠體基因組的測序組裝及分析
　　本研究首次完成了滸苔的葉綠體基因組的測定及分析，葉綠體基因組大小為93066bp，是一個雙鏈閉合環(huán)狀的葉綠體DNA結(jié)構(gòu)，由于缺失反向重復區(qū)，滸苔的葉綠體并不是一個典型的4段式結(jié)構(gòu)葉綠體?；蚪MGC含量為24.78%。由66個蛋白質(zhì)編碼基因、26個轉(zhuǎn)運RNA基因和3個核糖體RNA基因組成。共發(fā)現(xiàn)了4個內(nèi)含子，其中一

4、個位于tRNA基因上，其余兩個位于蛋白質(zhì)編碼基因上。
　　3.完成了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR標記位點的查找和引物篩選工作
　　本研究在滸苔轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中共發(fā)現(xiàn)9872個SSR位點，發(fā)生頻率9.03%。其主要重復類型是單核苷酸重復，占 SSR總數(shù)的42.71%；其次是三核苷酸重復，占SSR總數(shù)的31.71%；再是二核苷酸重復，占SSR總數(shù)的21.04%；本研究通過SSR位點的分析，設計SSR引物，經(jīng)過篩選，一共獲得了6條擴增條帶具有多態(tài)