滸苔的線粒體、葉綠體基因組研究及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的SSR分子標(biāo)記開發(fā).pdf

1、綠潮（Green Tides）是一種大型海藻在海域大規(guī)模增殖的生態(tài)異常現(xiàn)象。自2008年青島奧帆賽暴發(fā)了舉世矚目的黃海綠潮以來(lái)，越來(lái)越多的國(guó)內(nèi)外研究學(xué)者投身到綠潮藻的研究中去。目前雖然國(guó)內(nèi)外研究對(duì)綠潮藻滸苔的生理生化特征、生活史及繁殖能力、營(yíng)養(yǎng)成分等方面已經(jīng)完成了很全面的分析并且得到了相當(dāng)豐富的研究成果。但是對(duì)于滸苔的細(xì)胞器基因組，轉(zhuǎn)錄組組學(xué)方面的研究工作相對(duì)進(jìn)行得比較少。
　　本研究擬針對(duì)綠潮藻滸苔的葉綠體基因組的研究工作的空白

2、狀態(tài)，完成對(duì)滸苔線粒體和葉綠體基因組的測(cè)序和分析，揭示綠潮藻種類之間的進(jìn)化關(guān)系，從基因組學(xué)的角度闡述綠潮藻的特征。同時(shí)，又依靠了滸苔轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)支持，開發(fā) SSR分子標(biāo)記，為綠潮藻親緣關(guān)系和遺傳距離的研究打下了基礎(chǔ)。研究成果如下：
　　1.完成了滸苔線粒體基因組的測(cè)序組裝及分析
　　滸苔的線粒體基因組大小為61962bp，為單鏈編碼環(huán)狀DNA分子。GC含量33.9％共含有29個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、21個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因和2個(gè)核糖體

3、RNA基因。通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建分析，闡明了滸苔的遺傳地位。
　　2.完成了滸苔葉綠體基因組的測(cè)序組裝及分析
　　本研究首次完成了滸苔的葉綠體基因組的測(cè)定及分析，葉綠體基因組大小為93066bp，是一個(gè)雙鏈閉合環(huán)狀的葉綠體DNA結(jié)構(gòu)，由于缺失反向重復(fù)區(qū)，滸苔的葉綠體并不是一個(gè)典型的4段式結(jié)構(gòu)葉綠體。基因組GC含量為24.78%。由66個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、26個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因和3個(gè)核糖體RNA基因組成。共發(fā)現(xiàn)了4個(gè)內(nèi)含子，其中一

4、個(gè)位于tRNA基因上，其余兩個(gè)位于蛋白質(zhì)編碼基因上。
　　3.完成了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR標(biāo)記位點(diǎn)的查找和引物篩選工作
　　本研究在滸苔轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中共發(fā)現(xiàn)9872個(gè)SSR位點(diǎn)，發(fā)生頻率9.03%。其主要重復(fù)類型是單核苷酸重復(fù)，占 SSR總數(shù)的42.71%；其次是三核苷酸重復(fù)，占SSR總數(shù)的31.71%；再是二核苷酸重復(fù)，占SSR總數(shù)的21.04%；本研究通過(guò)SSR位點(diǎn)的分析，設(shè)計(jì)SSR引物，經(jīng)過(guò)篩選，一共獲得了6條擴(kuò)增條帶具有多態(tài)