基于花椒轉(zhuǎn)錄組序列的SSR分子標記開發(fā)及種質(zhì)資源鑒定.pdf

1、花椒（Zanthoxylum bungeanum Maxim）為蕓香科花椒屬植物，有較高的藥用、食用和生態(tài)價值;花椒在我國栽培歷史悠久，品種資源繁多，且栽培范圍廣泛，但由于在引種栽培過程中，同名異種、同種異名的現(xiàn)象比較嚴重，不利于花椒種質(zhì)資源的鑒定、引種工作。本文以12個有地域代表的花椒種質(zhì)為試驗材料，開展了花椒EST-SSR功能性標記的開發(fā)，并對12份花椒種質(zhì)資源進行了鑒定，豐富花椒在分子標記方面類型，為花椒種質(zhì)資源鑒定提供依據(jù)。

2、r>　　主要研究結(jié)果如下:
　　1.采用生物信息學(xué)分析軟件MISA對前期測序獲得的45057條Unigene序列進行了SSR位點數(shù)據(jù)挖掘，發(fā)現(xiàn)在全部的非冗余序列中有3315條序列包含SSR位點，共3814個，SSR位點在全部序列中的出現(xiàn)頻率為8.46％，平均分布距離約7.2kb;在檢索出的SSR位點中，三核苷酸是主導(dǎo)重復(fù)類型，且三核苷酸重復(fù)基元中以GAA/CTT、AGA/TCT重復(fù)基元出現(xiàn)頻率最高;在檢索出的不同SSR位點類型中，

3、所有重復(fù)基元的重復(fù)次數(shù)范圍在4-12次。其中二核苷酸重復(fù)次數(shù)范圍6-12次、為最大，六核苷酸重復(fù)次數(shù)范圍只有4次、為最小。隨著重復(fù)基元重復(fù)次數(shù)的增加，二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸重復(fù)基元的數(shù)量和重復(fù)基元總數(shù)呈明顯下降趨勢。
　　2.通過引物開發(fā)，從64對設(shè)計的引物中篩選出了18對EST-SSR多態(tài)性引物。引物多態(tài)性對應(yīng)的重復(fù)基元中，二核苷酸重復(fù)類型有1個，三核苷酸重復(fù)類型有8個，四核苷酸重復(fù)類型有6個，五核苷酸重復(fù)類型有

4、1個，六核苷酸重復(fù)類型有2個。
　　3.用所篩選的18對多態(tài)性EST-SSR引物對12份花椒種質(zhì)進行PCR擴增，共擴增出81條條帶，其中多態(tài)性條帶73條，多態(tài)率為90.12％;經(jīng)計算各花椒種質(zhì)間遺傳形似系數(shù)范圍為0.5526-0.8947;用UPGMA法進行聚類分析，在相似系數(shù)為0.70處，所有花椒品種分為三類，即項壇花椒為第Ⅰ類，竹葉椒為第Ⅱ類，其他花椒為第Ⅲ類。
　　4.用所篩選的18對引物對12個花椒種質(zhì)進行種質(zhì)資源鑒