蛋白質(zhì)相互作用及其位點(diǎn)的特征分析與預(yù)測(cè).pdf

1、后基因組時(shí)代的主要目標(biāo)之一是要闡明生物大分子間的相互作用機(jī)制。而蛋白質(zhì)相互作用是所有生命活動(dòng)發(fā)生的基礎(chǔ)，是細(xì)胞進(jìn)行一切代謝活動(dòng)的必要條件。對(duì)蛋白質(zhì)相互作用進(jìn)行研究不僅有助于揭示生命活動(dòng)的本質(zhì)，而且對(duì)疾病發(fā)生機(jī)制的了解及有效藥物的開發(fā)均起到推動(dòng)性的作用。生物信息技術(shù)的迅猛發(fā)展為深入了解蛋白質(zhì)相互作用機(jī)理提供了有效途徑。針對(duì)目前蛋白質(zhì)相互作用的研究現(xiàn)狀，本文選擇了其中的幾個(gè)熱點(diǎn)問題進(jìn)行了研究。
　　 首先，選取暫時(shí)型蛋白質(zhì)相互作用界

2、面（不包含抗原-抗體類型）作為研究對(duì)象，對(duì)界面殘基和表面其他殘基的多種屬性進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。發(fā)現(xiàn)除了目前已廣泛認(rèn)可的序列譜和溶劑可及表面積這兩種屬性之外，溫度因子也能有效地反映相互作用界面與非界面之間的差異。進(jìn)而聯(lián)合上述三種屬性，并利用支持向量機(jī)識(shí)別暫時(shí)型蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn)。交叉驗(yàn)證和獨(dú)立測(cè)試的結(jié)果表明溫度因子在預(yù)測(cè)過程中發(fā)揮著重要作用，而且這三種屬性間的互補(bǔ)性有利于提高預(yù)測(cè)精度。
　　 其次，在前期的工作基礎(chǔ)之上，試圖把我們的方

3、法運(yùn)用于抗原-抗體類型復(fù)合物中相互作用位點(diǎn)的識(shí)別，因而擴(kuò)增了原數(shù)據(jù)集。通過對(duì)更新后的數(shù)據(jù)集進(jìn)行測(cè)試，發(fā)現(xiàn)溫度因子不僅可以用于識(shí)別酶-抑制劑類型和其他類型復(fù)合物中的相互作用位點(diǎn)，同時(shí)也是預(yù)測(cè)抗原-抗體類型復(fù)合物中這些關(guān)鍵位點(diǎn)的有效特征。此外，在原有算法中添加了后處理程序，用于降低支持向量機(jī)預(yù)測(cè)結(jié)果中的假陽性數(shù)目，從而使預(yù)測(cè)效果得到進(jìn)一步改善。
　　 再次，對(duì)一個(gè)具有代表性的B細(xì)胞構(gòu)象表位數(shù)據(jù)集進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析，發(fā)現(xiàn)除了廣泛使用的溶劑

4、可及性特征之外，表位殘基和非表位殘基的溫度因子存在顯著差異。
　　 基于此，聯(lián)合上述這兩種結(jié)構(gòu)屬性，并運(yùn)用Logistic回歸模型識(shí)別B細(xì)胞構(gòu)象表位。
　　 測(cè)試結(jié)果表明溫度因子和溶劑可及性均是預(yù)測(cè)構(gòu)象表位的有效特征，且利用這兩種屬性間的互補(bǔ)性可以使預(yù)測(cè)精度明顯提高。
　　 最后，選取了五種目前使用較廣的序列特征提取方式，即氨基酸組成、氨基酸組成平方根、偽氨基酸組成、氨基酸理化屬性組成以及結(jié)構(gòu)域組成，并聯(lián)合支持向