浙江沿海銅藻遺傳多樣性研究.pdf

1、目的:
　　 銅藻[Sargassum horneri(Turner)C.Agardh]為北太平洋特有的暖溫帶性海藻，其生長速度快，形成的銅藻場為多種門類的海洋動物提供了避敵、索餌、產卵的場所，被稱為“生態(tài)型漁礁”，具有很高的生態(tài)價值。隨著海洋生態(tài)環(huán)境及海洋生物多樣性保護等問題的日益嚴峻，修復退化銅藻場，建設人工銅藻場的相關研究已經成為近年來的一個熱點。
　　 為了調查我國浙江沿海銅藻群體遺傳多樣性，評估人工銅藻場與野生

2、銅藻場以及不同野生銅藻場內銅藻的遺傳差異，本研究以浙江省南麂島火焜岙(HKA)、南麂島馬祖岙(MZA)、洞頭島(DT)和枸杞島(GQ)的銅藻群體為研究對象，使用現代分子生物學相關技術，對其進行了遺傳多樣性、遺傳結構等的分析，這對銅藻群體的遺傳評價、野生銅藻場的保護與恢復、人工銅藻場的建設等具有重要參考價值，同時，也為銅藻的遺傳育種提供了相關背景資料。
　　 方法:
　　 1.本研究用3種不同的方法對銅藻總DNA進行分離純

3、化，并比較了其分離純化效果以及各方法分離純化得到的銅藻總DNA對PCR擴增反應和基于限制性內切酶反應的AFLP分子標記實驗的影響;
　　 2.對浙江省南麂島火焜岙(HKA)、洞頭島(DT)、枸杞島(GQ)的野生群體和南麂島馬祖岙(MZA)養(yǎng)殖群體的44個銅藻樣品的5.8S rDNA-ITS序列進行了PCR擴增和序列分析;
　　 3.從浙江省南麂島火焜岙(HKA)、洞頭島(DT）、枸杞島(GQ)的野生群體和南麂島馬祖岙(M

4、ZA)養(yǎng)殖群體的銅藻中隨機選出2個樣品，以此8個樣品為供試材料，進行AFLP選擇性擴增引物組合的篩選，以得到擴增條帶清晰、多態(tài)性好、分布均勻的引物組合;
　　 4.用篩選出的選擇性擴增引物組合對浙江省南麂島火焜岙(HKA)、洞頭島(DT)、枸杞島(GQ)的野生群體和南麂島馬祖岙(MZA)養(yǎng)殖群體的80個銅藻樣品進行AFLP分子標記實驗;
　　 5.利用PopGen32等軟件對銅藻AFLP分子標記實驗所得數據進行分析。

5、r>　　 結果:
　　 1.3種不同的DNA分離純化方法均能得到銅藻總DNA，以此為模板均能有效進行PCR反應，成功擴增出銅藻5.8S rDNA-ITS區(qū)，檢出率達100％;
　　 2.方法1和方法2分離純化的銅藻總DNA產生的AFLP圖譜中分別觀察到了部分泳道條帶大量丟失或產生冗余條帶的現象，而方法3分離純化的銅藻總DNA產生的AFLP圖譜沒有異常帶型出現;
　　 3.本研究中，PCR擴增獲得的銅藻5.8S

6、rDNA-ITS區(qū)片段長度為1485 bp，包括部分ITS1、完整的5.8S rDNA和部分ITS2序列;序列分析表明僅有1個變異位點;將包含這一變異位點的基因型與GenBank公共數據庫中已公布的2株銅藻的5.8S rDNA-ITS區(qū)序列進行比對，共有31個變異位點，其中插入/缺失位點10個;
　　 4.通過AFLP分子標記技術，從64對選擇性擴增引物組合中篩選出了20對能夠擴增出條帶清晰可辨、多態(tài)性好、分布均勻的引物組合;<

7、br>　　 5.用篩選出的20對引物組合對4個銅藻群體，共80個個體進行了分析，共檢測到有效結合位點407個，其中多態(tài)性結合位點270個;銅藻在4個不同群體整體水平上的多態(tài)位點百分率PPL為66.34％，4個群體的多態(tài)位點百分率PPL在30.49％～46.54％之間，均值為36.09％。4個銅藻群體的Nei基因多樣性指數H為0.2375，Shannon信息指數I為0.3741，4個銅藻群體的種群總遺傳變異Ht和種群內遺傳變異Hs分別為

8、0.3142和0.2569，種群間遺傳分化系數Gst為0.1823，群體間遺傳變異占總變異的18.23％，群體內遺傳變異占總變異的81.77％。4個銅藻群體間基因流動系數Nm為1.1214。其中，枸杞島(GQ)群體的遺傳多樣性指數高于其他3個群體。
　　 結論:
　　 1.3種不同的DNA分離純化方法得到銅藻總DNA對PCR擴增銅藻5.8SrDNA-ITS區(qū)片段無明顯影響;
　　 2.方法3分離純化的銅藻總DNA

9、適合進行后續(xù)的AFLP實驗;
　　 3.浙江省南麂島火焜岙(HKA)、洞頭島(DT)、枸杞島(GQ)的銅藻野生群體和南麂島馬祖岙(MZA)養(yǎng)殖銅藻群體的銅藻樣品的5.8S rDNA-ITS區(qū)序列差異不明顯;
　　 4.EcoRⅠ+NNN/MseⅠ+NNN引物組合適用于銅藻基因組，可以利用篩選出的擴增條帶清晰可辨、多態(tài)性好、分布均勻的AFLP引物組合對不同銅藻群體進行遺傳多樣性分析;
　　 5.4個銅藻群體間遺傳分