基于轉(zhuǎn)座子聚集性的轉(zhuǎn)座子預(yù)測(cè)工具.pdf

1、理論上而言，生物體中的轉(zhuǎn)座行為呈隨機(jī)性，在基因組中只有小部分區(qū)域沒有轉(zhuǎn)座子的存在。但據(jù)實(shí)際觀察來看，轉(zhuǎn)座子在基因組中的分布呈現(xiàn)高度的非隨機(jī)性，并且不同的種群之間分布規(guī)律也各不相同?；谀壳暗膶?shí)驗(yàn)可以發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)座子的分布方式大致可以分為兩種：一種遠(yuǎn)離編碼區(qū)，并通過甲基化或呈異染色狀態(tài)來保持活性；另一種則插入到編碼區(qū)或者編碼區(qū)附近。導(dǎo)致轉(zhuǎn)座子非隨機(jī)分布的因素大致也可分為兩類：一類為對(duì)插入到編碼區(qū)的轉(zhuǎn)座子的自然選擇作用，另一類為染色體的重組導(dǎo)致轉(zhuǎn)

2、座子的數(shù)量的減少?；谝陨侠碚摽芍?，轉(zhuǎn)座子的非隨機(jī)分布很可能在基因組的某些區(qū)域形成一些轉(zhuǎn)座子的聚集區(qū)，而這些聚集區(qū)又與編碼區(qū)的位置以及重組熱點(diǎn)有關(guān)。研究轉(zhuǎn)座子的聚集區(qū)對(duì)研究轉(zhuǎn)座子的分布規(guī)律，以及功能基因的位置有重要意義。
　　 本文在第三部分通過數(shù)學(xué)方法證實(shí)了在生物基因組中轉(zhuǎn)座子聚集區(qū)存在的可能性，然后使用密度聚類算法對(duì)dictyostelium discoideum等4種模式生物的轉(zhuǎn)座子在其基因組中的分布進(jìn)行研究，并提供了識(shí)別