人類(lèi)分子相互作用在線資源及多物種的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具的建立.pdf

1、第二代測(cè)序技術(shù)為生物學(xué)家提供了海量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，許多新的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中，應(yīng)用最為廣泛的是基于基因注釋的富集分析方法，而這一方法的局限性在于，它只是觀察基因集本身的功能，并沒(méi)有考慮基因之間的相互作用也會(huì)對(duì)生物表型造成影響，并且這種分析方法無(wú)法解釋實(shí)驗(yàn)中觀察到的新的生物表型。為此，我們探索了新的分析方法，通過(guò)衡量基因集之間的相互作用強(qiáng)弱來(lái)判斷兩個(gè)基因集是否具有功能上的關(guān)聯(lián)，從而描述待分析基因集的功能。
　　基因集功能關(guān)聯(lián)分析方法

2、需要一個(gè)對(duì)生物完整相互作用組有足夠覆蓋度的功能相互作用網(wǎng)絡(luò)。在果蠅、線蟲(chóng)、酵母中，通過(guò)實(shí)驗(yàn)得到的分子相互作用數(shù)量較多，足以覆蓋大部分的生命活動(dòng)。而在人類(lèi)、擬南芥、水稻、小鼠等物種中，實(shí)驗(yàn)得到的分子相互作用數(shù)量較少，不足以覆蓋生命活動(dòng)的重要通路。為此，我們使用的是通過(guò)預(yù)測(cè)得到的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，以其為依據(jù)來(lái)構(gòu)建基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具。
　　為了獲得高質(zhì)量的預(yù)測(cè)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，我們通過(guò)整合側(cè)面證據(jù)的方法，建立了具有一定覆蓋度的人類(lèi)分

3、子相互作用網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)這種方式建立的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)具有很高的準(zhǔn)確性及特異性。以此為依據(jù)，我們建立了人類(lèi)分子相互作用在線資源數(shù)據(jù)庫(kù)，以供生物學(xué)家使用。
　　在人類(lèi)和擬南芥中，我們依據(jù)已建立的預(yù)測(cè)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)，建立了人類(lèi)和擬南芥的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具，并用其對(duì)已報(bào)道的部分實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行了案例分析，取得了很好的成果。為了讓基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具能覆蓋更多的物種，在果蠅、線蟲(chóng)、酵母中，我們使用了通過(guò)實(shí)驗(yàn)得到的分子相互作用網(wǎng)絡(luò);在水稻、