全外顯子組測(cè)序技術(shù)尋找馬爾尼菲青霉病的易感基因.pdf

1、目的：通過(guò)外顯子組測(cè)序技術(shù)（whole exome sequencing，WES）從基因水平尋找導(dǎo)致馬爾尼菲青霉病(Penicilliosis marneffei，PSM)易感的基因位點(diǎn)，從患者基因水平探討PSM發(fā)病機(jī)制。同時(shí)，探討γ干擾素抗體（Anti-interferon-gamma autoantibody）與不合并HIV感染的PSM的相關(guān)性。
　　方法：收集2013年至2016年期間于廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院確診PSM的3

2、例患兒及其父母、60例不合并HIV感染的PSM患者、62健康志愿者，收集其外周靜脈血及病史資料。對(duì)3例患兒及其父母的基因組DNA提取、純化，進(jìn)行全外顯子組測(cè)序，通過(guò)與人類基因組DNA數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，篩選出SNP（Single nucleotide polymorphism）及Indel（Insertion-deletion）突變位點(diǎn)。通過(guò)生物信息學(xué)方法在患兒家系內(nèi)及家系間進(jìn)行篩選，得到候選基因，與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比后得到可能導(dǎo)致年幼患兒對(duì)P

3、SM的易感基因。采用人γ干擾素抗體檢測(cè)試劑盒，對(duì)不合并HIV感染的PSM患者及健康志愿者檢測(cè)血清γ干擾素抗體，探討成人患者對(duì)PSM易感的可能原因。
　　結(jié)果：外顯子組測(cè)序平均測(cè)序深度為111.66×，質(zhì)量控制指標(biāo)均大于90％，測(cè)序錯(cuò)誤率小于1%，得到72682個(gè)SNP位點(diǎn)和6505個(gè)Indel位點(diǎn)，通過(guò)與已知數(shù)據(jù)庫(kù)分析比對(duì)、生物信息學(xué)分析、手動(dòng)篩選后得到DOCK8基因突變可能對(duì)年幼起病的PSM患兒易感PSM起重要作用。不合并HIV