高氧誘導(dǎo)支氣管肺發(fā)育不良差異表達(dá)長鏈非編碼RNA的篩選及生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的：
　　1.制備高氧誘導(dǎo)新生小鼠支氣管肺發(fā)育不良(BPD)模型，利用基因芯片技術(shù)篩選BPD肺組織中差異表達(dá)的長鏈非編碼RNA(lncRNA)。
　　2.挑選部分差異表達(dá)的lncRNAs，通過實(shí)時(shí)定量PCR(qRT-PCR)驗(yàn)證芯片結(jié)果的可靠性。
　　3.對候選lncRNAs進(jìn)行生物信息學(xué)分析，為進(jìn)一步闡明lncRNAs差異表達(dá)致使BPD發(fā)生發(fā)展的確切分子機(jī)制提供實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。
　　方法：
　　1.制備高氧誘

2、導(dǎo)新生小鼠BPD模型:將新生C57BL/6J小鼠暴露于95％濃度氧下7d，取肺組織做病理切片H&E染色、行放射性肺泡計(jì)數(shù)(RAC)，qRT-PCR驗(yàn)證BPD分子標(biāo)志物TGF-β、IGF-1、VEGF-α的表達(dá)，鑒定BPD模型制備成功與否。
　　2.高氧誘導(dǎo)BPD模型制備成功后抽取肺組織總RNA進(jìn)行Arraystar LncRNA芯片篩選。
　　3.通過生物信息學(xué)分析，篩選出可能參與BPD形成的lncRNAs，并應(yīng)用qRT-P

3、CR驗(yàn)證篩選結(jié)果。
　　4.利用基因?yàn)g覽工具分析候選lncRNAs生物學(xué)特性及其與鄰近蛋白編碼基因的關(guān)系。
　　結(jié)果：
　　1.成功復(fù)制了高氧誘導(dǎo)新生小鼠BPD模型。肺組織病理切片顯示肺泡直徑變大、數(shù)目減少、肺泡間隔增大;與空氣對照組相比，RAC差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（7.1±±0.5 VS4.8±0.3，p＜0.05）。BPD經(jīng)典分子標(biāo)志物TGF-β上調(diào)了3.2倍、IGF-1上調(diào)了4倍、VEGF-α表達(dá)下調(diào)了60％。

4、r>　　2.對BPD肺組織和對照組肺組織芯片篩選結(jié)果進(jìn)行分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的lncRNA（差異倍數(shù)≥2倍且p＜0.05）共1769條，其中上調(diào)的有882條，下調(diào)的有887條;5倍以上上調(diào)的共140條，下調(diào)的共71條;10倍以上上調(diào)的共28條，下調(diào)的有2條。
　　3.依據(jù)組間差異大、組內(nèi)差異小、原始拷貝數(shù)較高原則，挑選了15條lncRNA進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證，結(jié)果具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p＜0.05)且與芯片結(jié)果一致。
　　4.進(jìn)

5、一步生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)AK033210與TNC、1010001N08Rik與Gata6均形成antisense overlap關(guān)系，可能參與BPD發(fā)生發(fā)展形成過程。
　　結(jié)論：
　　1.本研究成功復(fù)制了高氧誘導(dǎo)新生小鼠BPD模型。
　　2.BPD肺組織中存在大量差異表達(dá)的lncRNAs。
　　3.芯片數(shù)據(jù)真實(shí)可靠。
　　4.進(jìn)一步生物信息學(xué)分析提示AK033210、1010001N08Rik可能參與BPD發(fā)