L02-HBx細(xì)胞長(zhǎng)鏈非編碼RNA的表達(dá)譜分析及初步生物信息學(xué)研究.pdf

1、目的:研究L02/HBx細(xì)胞與L02/pcDNA3.0細(xì)胞的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)表達(dá)譜，對(duì)差異基因進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析。
　　方法:選取實(shí)驗(yàn)組L02/HBx，對(duì)照組轉(zhuǎn)染空質(zhì)粒的L02細(xì)胞(L02/pcDNA3.0)作為實(shí)驗(yàn)對(duì)象，分別提取兩組細(xì)胞的總RNA并純化，檢驗(yàn)RNA質(zhì)量，反轉(zhuǎn)錄得到cDNA，并合成生物素標(biāo)記的cRNA探針。利用lncRNA芯片技術(shù)檢測(cè)兩組的lncRNAs和mRNAs表達(dá)譜的差異，經(jīng)過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)

2、行預(yù)處理、均一化后，篩選出差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs，進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。分別選取上調(diào)的lncRNA4個(gè):TCONS_00006195, ENST00000557524, NR_037597,ENST00000539975，下調(diào)的lncRNA3個(gè):ENST00000508424，ENST00000447433，uc0011va.4，采用SYBRGREENⅠ實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)在兩細(xì)胞株中驗(yàn)證，并用GAPDH做內(nèi)

3、參。綜合NCBIRefSeq，UCSC，RNAdb，lncRNAs等數(shù)據(jù)庫(kù)資源，對(duì)芯片結(jié)果進(jìn)行GO，pathway初步生物信息學(xué)分析。
　　結(jié)果:1.將實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組lncRNAs表達(dá)量比較:其中2倍以上變化且差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）的lncRNAs和mRNAs。與對(duì)照組比較，實(shí)驗(yàn)組中l(wèi)ncRNA上調(diào)2倍以上變化的共323條，下調(diào)2倍以上變化的共421條;mRNA上調(diào)2倍以上變化的共742條，下調(diào)2倍以上變化的共501條。

4、
　　2.采用SYBR綠色熒光染料Ⅰ(SYBRGREENⅠ)實(shí)時(shí)檢測(cè)的聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)驗(yàn)證表達(dá)上調(diào)的4個(gè)lncRNAs: TCONS_00006195，ENST00000557524，NR_037597，ENST00000539975，表達(dá)下調(diào)的3個(gè)lncRNAs: ENST00000508424,ENST00000447433,uc0011va.4，和芯片結(jié)果基本吻合。
　　3.GO(Gene Ontology

5、)分析顯示，在差異表達(dá)的mRNA中，上調(diào)表達(dá)的有526個(gè)參與生物學(xué)進(jìn)程，下調(diào)表達(dá)的680有個(gè)參與生物學(xué)進(jìn)程;上調(diào)表達(dá)的有68個(gè)參與細(xì)胞組件，下調(diào)表達(dá)的有59個(gè)參與細(xì)胞組件;上調(diào)表達(dá)的有77個(gè)參與分子功能，下調(diào)表達(dá)的有86個(gè)參與分子功能。
　　4.Pathways分析顯示，在L02/HBx細(xì)胞中有52條通路(pathway)受上調(diào)的mRNAs調(diào)控，有21條通路受下調(diào)的mRNAs調(diào)控。
　　結(jié)論:1.與對(duì)照組比較，L02/HBx

6、細(xì)胞株lncRNAs表達(dá)譜發(fā)生了顯著變化。其中RT-PCR驗(yàn)證TCONS_00006195，ENST00000557524，NR_037597，ENST00000539975表達(dá)上調(diào)，ENST00000508424，ENST00000447433，uc0011va.4表達(dá)下調(diào)。
　　2.生物信息學(xué)初步分析L02/HBx細(xì)胞株中差異表達(dá)的mRNA涉及到L02/HBx細(xì)胞的生長(zhǎng)、分化、凋亡以及整個(gè)細(xì)胞周期過(guò)程。涉及到的通路包括:信號(hào)傳