轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)位置頻率矩陣的聚類方法研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)是重要的基因調(diào)控元件，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測和識(shí)別是理解基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵。
　　針對轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)位置頻率矩陣的相似性度量函數(shù)和聚類問題，本論文的主要工作如下：
　　1.針對相似性度量函數(shù)的問題，本論文通過對JASPAR數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄因子位置頻率矩陣構(gòu)造相應(yīng)的噪聲矩陣來模仿生物數(shù)據(jù)中的噪聲。采用各種相似性度量函數(shù)對噪聲位置頻率矩陣和原位置頻率矩陣進(jìn)行相似性比較。評(píng)測各種相似性度量函數(shù)識(shí)別出原位置頻率矩陣和

2、對應(yīng)的噪聲位置頻率矩陣的能力，并提出了MED計(jì)算公式。通過實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分析，說明本文提出的MED公式是有效的。
　　2.針對位置頻率矩陣聚類問題，提出了MUPGMA聚類算法和基于矩陣構(gòu)造共有序列算法。對JASPAR和TRANSFAC數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了MUPGMA聚類，采用各種相似性度量函數(shù)計(jì)算數(shù)據(jù)對象之間的相似性，按照不同的鄰近性計(jì)算類之間的相似性。通過對實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分析，說明了MUPGMA算法和構(gòu)造共有序列方法的有效可行性，還比較了各種相