基于Z曲線理論的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別研究.pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃的完成，生物信息學(xué)已經(jīng)進(jìn)入了后基因組時(shí)代。對(duì)基因非編碼區(qū)的研究已經(jīng)成為研究的熱點(diǎn)問題之一，其中一個(gè)主要研究方向是對(duì)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的研究。 本文將Z曲線理論引入到轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的研究中來，提出了基于Z曲線理論的坐標(biāo)矩陣模型（ZCCM），ZCCM模型本質(zhì)上是一條能夠表示轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)特性的中心曲線的坐標(biāo)矩陣，能夠較全面、較準(zhǔn)確的描述轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的特征和保守性信息，提出了計(jì)算轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)序列與中心曲線之

2、間的相似性距離向量，并以其為特征，進(jìn)行BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練和分類，在大腸桿菌E.coli的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別實(shí)驗(yàn)中取得了較好的結(jié)果，并與MetInspector方法進(jìn)行了比較，實(shí)驗(yàn)表明，ZCCM模型具有良好的性能，能夠較準(zhǔn)確表示轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的特征，對(duì)數(shù)據(jù)信賴性較小，自身較為完善，有較好的穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性。 本文提出了新的表示轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的模型ZCCM，給出構(gòu)建模型的方法、算法步驟，并結(jié)合實(shí)驗(yàn)證明了該模型的優(yōu)點(diǎn)和有效性，ZC