基于PWMSA預(yù)測(cè)堿基關(guān)聯(lián)三聯(lián)體轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn).pdf

1、調(diào)控元件是指基因周圍能夠與特異性轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合而影響轉(zhuǎn)錄水平的DNA功能序列。作為一種重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識(shí)別已經(jīng)成為當(dāng)前的研究熱點(diǎn)。準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)、識(shí)別算法有助于人們識(shí)別不同轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)基因，進(jìn)而研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)在上游調(diào)控區(qū)中的位置對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響。 本文是基于位置權(quán)重矩陣打分函數(shù)算法預(yù)測(cè)堿基關(guān)聯(lián)三聯(lián)體轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的方法。由于已有的位置權(quán)重矩陣打分函數(shù)算法主要是針對(duì)單堿基位點(diǎn)保守性利用位置權(quán)重矩陣預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)

2、錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。這種方法雖然可以迅速地識(shí)別出轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，但是由于位置權(quán)重矩陣模型假定：結(jié)合位點(diǎn)序列中的堿基具有獨(dú)立的貢獻(xiàn)與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合力。然而，最近的實(shí)驗(yàn)研究證明這種假設(shè)是不完全的，結(jié)合位點(diǎn)的堿基之間存在著相互作用、共同貢獻(xiàn)與轉(zhuǎn)錄因子的親和力，考慮在非編碼區(qū)中也應(yīng)該與編碼區(qū)中一樣，以三個(gè)連續(xù)的堿基來編碼一個(gè)蛋白質(zhì)，因而研究三聯(lián)體堿基更具有生物學(xué)意義。本文基于以前的研究，將位置權(quán)重矩陣打分函數(shù)算法應(yīng)用到堿基關(guān)聯(lián)三聯(lián)體，利用位置權(quán)