基于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的特性對轉(zhuǎn)錄因子分類的新方法.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子是控制基因表達(dá)第一階段即DNA轉(zhuǎn)錄成RNA的一種蛋白質(zhì)。它通過特異性結(jié)合調(diào)控區(qū)域的DNA序列來調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄過程[1]。理解轉(zhuǎn)錄因子與結(jié)合位點(diǎn)間的相互作用是理解轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制的關(guān)鍵。而根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的功能特性對轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行準(zhǔn)確的分類是研究轉(zhuǎn)錄因子功能的首要任務(wù)。本文提出了一種以轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)特性來表示轉(zhuǎn)錄因子的方法，并以此用支持向量機(jī)對其進(jìn)行分類，并取得很好的分類效果。
　　 本文主要有以下幾個(gè)方面的成果:
　　 一

2、、篩選了對于轉(zhuǎn)錄因子有代表性意義的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的六個(gè)特性:轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的長度，新的位置頻率值，不保守的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的比率，非核小體位置的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的比率，既保守又在核小體位置的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)比率，GC含量。
　　 二、統(tǒng)計(jì)了酵母菌和果蠅的轉(zhuǎn)錄困子對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的六個(gè)特性，并以此構(gòu)造了用于表示轉(zhuǎn)錄因子的向量。
　　 三、基于表示轉(zhuǎn)錄因子的向量用支持向量機(jī)的方法對酵母菌和果蠅的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行分類，并