基于轉錄因子結合位點的特性對轉錄因子分類的新方法.pdf

1、轉錄因子是控制基因表達第一階段即DNA轉錄成RNA的一種蛋白質(zhì)。它通過特異性結合調(diào)控區(qū)域的DNA序列來調(diào)控基因轉錄過程[1]。理解轉錄因子與結合位點間的相互作用是理解轉錄調(diào)控機制的關鍵。而根據(jù)轉錄因子的功能特性對轉錄因子進行準確的分類是研究轉錄因子功能的首要任務。本文提出了一種以轉錄因子結合位點特性來表示轉錄因子的方法，并以此用支持向量機對其進行分類，并取得很好的分類效果。
　　 本文主要有以下幾個方面的成果:
　　 一

2、、篩選了對于轉錄因子有代表性意義的轉錄因子結合位點的六個特性:轉錄因子結合位點的長度，新的位置頻率值，不保守的轉錄因子結合位點的比率，非核小體位置的轉錄因子結合位點的比率，既保守又在核小體位置的轉錄因子結合位點比率，GC含量。
　　 二、統(tǒng)計了酵母菌和果蠅的轉錄困子對應的轉錄因子結合位點的六個特性，并以此構造了用于表示轉錄因子的向量。
　　 三、基于表示轉錄因子的向量用支持向量機的方法對酵母菌和果蠅的轉錄因子進行分類，并