基于序列信息的轉錄因子結合位點和啟動子理論預測.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、內蒙古大學碩士學位論文基于序列信息的轉錄因子結合位點和啟動子理論預測姓名：楊科利申請學位級別：碩士專業(yè)：生物物理學指導教師：李前忠20070420考慮到轉錄因子結合位點之間存在堿基相互作用共同貢獻與蛋白的親和力，利用已知的9種酵母轉錄因子結合位點序列構建近鄰核苷酸二聯(lián)體位置權重矩陣，計算位點近鄰二聯(lián)體核苷酸保守性參量，使用PWMSA算法對9種酵母轉錄因子結合位點進行預測，Selfconsistency檢驗和J0foldcrossvali

2、dation檢驗預測成功率分別達到8804％，8110％，明顯高于單堿基位置權重矩陣的結果。基于啟動子序列的內容特征和信號特征與非啟動子序列的區(qū)別，利用離散量方法提取啟動子序列的內容特征；構建核心啟動子元件的位置權重矩陣，使用位置權重矩陣提取啟動子序列的信號特征，最后提取啟動子和非啟動子序列堿基組份特征。構建了基于綜合啟動子序列的內容特征和信號特征預測啟動子序列的支持向量機分類器，并對人類PolII啟動子進行預測，10foldCrOSS

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