整合子分析及研究平臺(tái)構(gòu)建.pdf

1、目的： 1、建立一個(gè)整合子的分析平臺(tái)，為研究其遺傳多樣性提供方便； 2、為分析和注釋實(shí)驗(yàn)獲得的整合子數(shù)據(jù)提供一個(gè)比較快捷的通道； 3、比較完全地分析了整合酶附近基因盒內(nèi)包含的基因的種類(lèi)和功能； 4、對(duì)目前的整合子序列進(jìn)行整體分布分析，包括年代和國(guó)家等。 方法： 1、通過(guò)NCBI的RPS-BLAST序列相似性查詢(xún)工具找出包含整合酶保守域的序列； 2、通過(guò)NCBI的API工具eUtil

2、s下載被注釋為整合子的序列； 3、以Linux為操作平臺(tái)，采用Apache+PHP+Mysql構(gòu)建整合子分析平臺(tái)； 4、對(duì)基因盒可能表達(dá)的蛋白質(zhì)分別用PFAM和SUPERFAMILY庫(kù)從域的水平上進(jìn)行分析，并采用COG進(jìn)行了功能水平的分析； 5、采用Perl和BioPerl對(duì)收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行輔助分析和處理。 結(jié)果： 1、從收集的整合子來(lái)看，大部分基因盒包含的基因和目前已知的基因序列相似性比較低，屬于

3、功能未知的基因，如COG的注釋結(jié)果可以看出，8593個(gè)蛋白里有4263個(gè)蛋白不能找到相關(guān)的信息； 2、各型別的整合酶數(shù)量差異非常大，大部分是intI1，而且有很多intI1沒(méi)有被命名； 3、建立了一個(gè)整合子分析平臺(tái)，將整合子結(jié)構(gòu)以圖片的形式公布，更加直觀。用戶(hù)可以對(duì)不同來(lái)源的整合子進(jìn)行比較，查看基因盒內(nèi)基因的詳細(xì)注釋?zhuān)?4、除了高通量測(cè)序得到的uncultured bacterium數(shù)據(jù)，整合子主要來(lái)源于醫(yī)院內(nèi)較

4、常見(jiàn)的Pseudomonas，Escherichia，Salmonella和vibrio四個(gè)屬的菌株，其中又以Escherichia coli和Pseudomonas aeruginosa最多； 5、整合予結(jié)構(gòu)復(fù)雜，很多是通過(guò)物種來(lái)命名，相對(duì)比較雜亂，尚需一種新的分類(lèi)方法來(lái)解決。 結(jié)論： 1、1類(lèi)整合子相對(duì)其他數(shù)量比較多，intI1已經(jīng)是基因盒傳遞的一個(gè)比較適合的媒介；Ⅱ類(lèi)整合子酶活性低，這與目前臨床上發(fā)現(xiàn)含Ⅱ類(lèi)