林麝、馬麝SRY基因的克隆與編碼蛋白質的結構、功能預測及其在系統(tǒng)進化分析中的應用.pdf

1、根據(jù)已報道的偶蹄目動物并參照人和狗SRY基因堿基序列設計一對簡并引物,以林麝(Moschus berezovskii)及馬麝(Moschus chrysogaster)基因組DNA為模板,通過PCR分別擴增出SRY基因HMG-box及其CDS區(qū).克隆的林麝及馬麝SRY基因片段經(jīng)測序,其長度分別為187bp和684bp.根據(jù)得到的林麝及馬麝SRY基因CDS區(qū)核苷酸序列翻譯成氨基酸序列,對這段編碼氨基酸序列進行分析,發(fā)現(xiàn)在林麝及馬麝兩個種間

2、比較,HMG-box區(qū)存在較高的異義突變,提示其受到一定程度種特異性的適應選擇(正選擇).CDS區(qū)4個異義突變就有3個發(fā)生在HMG-box區(qū)域,該區(qū)域異義突變遠高于其側翼序列,這是值得重視的.對SRY基因編碼蛋白質進行了一級結構、二級結構分析和三維空間構象的預測.將其與NCBI數(shù)據(jù)庫中人及小鼠的SRY蛋白質三維結構對比,構象基本一致.因為SRY基因HMG-box區(qū)是SRY蛋白重要功能結構域,而SRY蛋白質是通過DNA螺旋小溝內(nèi)的核苷酸作

3、用來識別核心靶序列的.該研究發(fā)現(xiàn)林麝與馬麝SRY基因HMG-box區(qū)有3個有義突變,考慮到林麝與馬麝具有極近的親緣關系,這點無疑是值得重視的.從父系遺傳的角度,利用GenBank中收錄的偶蹄目SRY基因,使用MEGA2.1和PAUP4.0軟件,用算術平均除權配對法(UPMGA)、鄰位相接法(NJ)和最大簡約法(MP)分別構建了偶蹄目的系統(tǒng)進化樹.探討了麝在偶蹄目中的分類地位,尤其是與鹿科的系統(tǒng)進化關系.聚類樹顯示麝形成一個單系,支持麝作