蛋白質(zhì)超二級結構庫的建立及其序列統(tǒng)計分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、蛋白質(zhì)是生命活動的物質(zhì)基礎,生命活動幾乎都是通過蛋白質(zhì)實現(xiàn)的,而蛋白質(zhì)的功能又與其結構緊密相關。所以知道一個蛋白質(zhì)的結構對了解其功能是非常關鍵的。目前,在Swiss-prot(8.7版本)庫中包含3421677個已知一級序列的蛋白質(zhì),而在PDB(2006.9.19)庫中只包含38882個已知結構的蛋白質(zhì)。實驗測定的蛋白質(zhì)結構比已知的蛋白質(zhì)序列要少得多。實驗測定蛋白質(zhì)結構主要有X射線衍射法、核磁共振法等技術,但過程非常復雜,且代價較高。A

2、nfinsen提出假說:蛋白質(zhì)一級結構決定著蛋白質(zhì)的空間結構。因此從蛋白質(zhì)序列出發(fā)預測空間結構,揭示生物分子數(shù)據(jù)的內(nèi)涵是生物信息學的重要研究課題。但直接從蛋白質(zhì)的序列出發(fā)來預測高級結構仍很困難,尤其是三級結構的預測。已有報告表明蛋白質(zhì)折疊主要由許多簡單的超二級結構單元構成,由超二級結構獲得的結構信息可用于三級結構的預測。如果知道了蛋白質(zhì)簡單超二級結構的模體構象,再預測三級結構,那么問題就會簡單得多。所以蛋白質(zhì)超二級結構預測是從一級序列預

3、測三維結構的橋梁。本文主要工作是蛋白質(zhì)超二級結構庫的建立及其序列的統(tǒng)計分析:選取了SCOP數(shù)據(jù)庫1.69版本中同源性小于40%的蛋白質(zhì)6819,從PDB庫中都找到每一個氨基酸對應的二級結構,在對蛋白質(zhì)序列分析、整理基礎上,給出五類超二級結構序列模式α-α、α-β、β-α、β-βhairpin和β-βlink共61824個;并根據(jù)Loop的長度進一步分類,建立了相應的蛋白質(zhì)超二級結構數(shù)據(jù)庫;并對五類蛋白質(zhì)超二級結構序列所含20種氨基酸的概

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