長非編碼RNA與生物大分子相互作用的數(shù)據(jù)庫構(gòu)建和分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、長非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一類轉(zhuǎn)錄本長度大于200個核苷酸的RNA,它們有很小的或者無編碼蛋白質(zhì)的能力。LncRNAs通過與DNA、RNA或蛋白質(zhì)等不同分子發(fā)生相互作用在復(fù)雜生物過程中起重要作用。因此,獲取與lncRNA相互作用的分子是其功能性研究的首要步驟。近些年來,隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展,越來越多的lncRNA和蛋白質(zhì)等生物大分子的相互作用被發(fā)現(xiàn)。但是這些相互作用數(shù)據(jù)散落在不同的文

2、獻(xiàn)中,沒有被整合在一個數(shù)據(jù)庫中,不利于研究者使用這些數(shù)據(jù)。因此,本課題旨在建立一個lncRNA與生物大分子相互作用數(shù)據(jù)庫(Database of long non-coding RNA interaction,lncRInter),以及分析這些相互作用數(shù)據(jù)。
  通過文獻(xiàn)搜索與人工收集,收集得到922條實驗驗證的lncNRA與其他分子的相互作用對。這些相互作用對來自16個物種和510篇文獻(xiàn),其中包含276個lncRNAs。接下來,

3、把這些lncRNA相互作用根據(jù)分子類型分成了七類,分別為RNA–Protein、RNA–TF、RNA–RNA、RNA–DNA、DNA–Protein、DNA–TF和DNA–DNA,此外我們還根據(jù)相互作用模式的不同分成了兩個模式:結(jié)合和調(diào)節(jié)。在用戶友好型的網(wǎng)頁界面中,還對這些相互作用及其分子進(jìn)行了基本信息的注釋,并提供了瀏覽、搜索和提交功能。數(shù)據(jù)分析揭示了大部分與lncRNAs發(fā)生相互作用的蛋白質(zhì)是轉(zhuǎn)錄因子或染色體重塑因子。LncRNA相

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