蛋白-蛋白對接方法的發(fā)展及與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)合的應(yīng)用.pdf

1、研究蛋白復(fù)合物結(jié)構(gòu)對理解蛋白功能非常重要,用計(jì)算的方法來進(jìn)行蛋白-蛋白對接是對實(shí)驗(yàn)測定復(fù)合物結(jié)構(gòu)的重要補(bǔ)充。基于快速傅立葉變換的蛋白-蛋白對接方法是一個(gè)廣泛應(yīng)用的對接技術(shù),它能夠快速的對復(fù)合物中配體相對于受體的旋轉(zhuǎn)和平移空間進(jìn)行全局搜索。我們對現(xiàn)有的基于快速傅立葉變換的對接方法進(jìn)行了改進(jìn)。首先,根據(jù)對誘餌集合的統(tǒng)計(jì)分析,給出了更為適合對接的參數(shù)。然后我們修改了在配體每個(gè)旋轉(zhuǎn)方向上保留構(gòu)象的策略,避免保留的構(gòu)象過于相似。對測試集合中的蛋白

2、對接結(jié)果表明,相比原來的FTDOCK程序,我們的方法提高了對接成功率和平均近天然構(gòu)象數(shù)。然后,我們將HADDOCK中用到的模糊的相互作用約束變成一個(gè)簡單的打分函數(shù),根據(jù)模擬的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)對上一步保留的構(gòu)象進(jìn)行重新打分,使對接結(jié)果有進(jìn)一步改進(jìn)。另外,我們還用我們的方法對HADDOCK中提供的三個(gè)有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的復(fù)合物進(jìn)行了對接,結(jié)果表明用基于傅立葉變換的蛋白-蛋白對接方法和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)合可以給出比較可靠的對接結(jié)果。
　　 在第三章中,我們用