利用對接分類預(yù)測人類血漿白蛋白結(jié)合率.pdf

1、小分子的代謝動力學(xué)特征(ADME)決定著化合物在生物體內(nèi)能否真正達到生物學(xué)作用，已經(jīng)成為是藥物臨床前研究的重要考量因素。目前導(dǎo)致藥物不能成功上市的原因中，40％是由于ADME性質(zhì)不佳所造成的。為了有效降低藥物的淘汰率，降低藥物開發(fā)成本，高通量的測定候選藥物前體的性質(zhì)，計算機ADME建模成為了值得研究的重要途徑。
　　 目前的ADME建模方法主要是利用定量結(jié)構(gòu)活性關(guān)系模型，所用的描述符基本上都基于小分子結(jié)構(gòu)。以前研究證明，分子對接

2、可以分析小分子與蛋白之間的相互作用，可以用藥物活性的分類預(yù)測。然而，但很少有研究用于藥物動力學(xué)的定量活性預(yù)測。因此，本研究主要以人類血漿白蛋白結(jié)合率研究為例，探索對接分數(shù)能否作為描述符用于定量建模預(yù)測。
　　 第一部分利用傳統(tǒng)的小分子結(jié)構(gòu)描述符來進行人類血漿白蛋白結(jié)合率(logK'HAS)的預(yù)測。所得模型結(jié)果為Q2=0.84，MSE=0.06；r2=0.83，mse=0.06；R2=0.87，mse=0.05。與前人所報導(dǎo)的模型

3、相比，這些預(yù)測能力要稍好一些，證明我們可以重復(fù)前人的工作并達到相似或者更好的結(jié)果。
　　 第二部分使用對接軟件利用小分子結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)計算對接分數(shù)。然后將這些對接分數(shù)進行整合，基于計算所得對接分數(shù)描述符來建立模型預(yù)測logK'HAS，最終所得的模型結(jié)果為r2=0.78，mse=0.09；Q2=0.75，MSE=0.09；R2=0.79，mse=0.07。該結(jié)果可以與前人報導(dǎo)的模型達到相似的結(jié)果，很好地證明了對接分數(shù)可以作為描述