計算生物學中有關基因組移位-刪除排序問題的研究.pdf

1、計算生物學是當今世界發(fā)展最為迅速、最熱門的學科之一,計算生物學研究的成果影響著人類在生物進化、基因制藥、基因治療等領域的研究進展。生物學、化學、數(shù)學、計算機科學等各領域的專家學者都在參與著計算生物學的研究,并取得了一系列的進展和突破。
　　 隨著大尺度DNA繪圖的出現(xiàn),基因組排序問題在分子生物學和計算生物學中的地位越來越重要。生物學家通過對整個基因組測序或使用比較物理圖譜得到基因次序,并用排列來表示基因組以便于分析不同物種的基因

2、列。推導物種的進化史,一個比較有前途的方法是比較兩個基因組中的基因排列順序。20世紀80年代末,Jeffrey Palmer和同事在對比甘藍與蕪菁甘藍的基因序列時發(fā)現(xiàn),排列形成兩種基因序列的分子幾乎完全相同,只是分子在兩種基因中的排列順序不一致。這一發(fā)現(xiàn)和以后的一系列研究表明,兩個相近的物種往往含有相同的基因集合,只是基因排列的順序有所不同。在生物進化的過程中,最常見到的基因重排事件是翻轉(Reversal),它指在一個染色體中發(fā)生的基

3、因重排事件,和移位'(Translocation),它指在不同的染色體間發(fā)生的基因重排事件。
　　 本文就基因組移位.刪除排序問題進行了研究,得到了一下兩個主要結果:
　　 (1)基于時間復雜度為O(n3)的基因組移位-刪除算法進行了改進,通過改進其在不同情況下的樹結構處理方式和采用的合并、分解操作以及采用時間復雜度更低的移位排序子程序,將該算法的時間復雜度將為O(n2)。
　　 (2)受到基因組移位排序算法的啟