

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進行舉報或認領(lǐng)
文檔簡介
1、為了探索生命的本質(zhì),人們迫切希望快速地獲得新物種個體DNA分子的全部堿基序列?,F(xiàn)在,新一代測序技術(shù)不斷發(fā)展,但測序過程中DNA分子已被打碎成堿基片段,于是從頭測序被提出來了。隨著第二代、第三代測序技術(shù)的產(chǎn)生,人們能在較短時間內(nèi)獲得大量的測序數(shù)據(jù)。測序技術(shù)以高通量、低成本、高精度為發(fā)展方向,現(xiàn)在積累的測序數(shù)據(jù)越來越多。如何快速、準確地處理海量測序數(shù)據(jù)已成為DNA測序發(fā)展的瓶頸。
測序之前,DNA分子要經(jīng)過復(fù)制、打碎、過濾等過程,
2、然后通過測序儀,把DNA片段讀出,讀出的DNA片段稱為讀取。要獲得整個DNA分子的堿基序列,首先要根據(jù)讀取構(gòu)造重疊群。重疊群是由讀取相互重疊而成的DNA片段,并且重疊群上的每個堿基都被一條讀取所覆蓋。在本文中,提出了一種新的重疊群生成算法,叫SRGA。該算法基于de Bruijn圖,將從頭測序問題轉(zhuǎn)化成一個四叉樹的搜索問題,并采用啟發(fā)式搜索策略,能夠快速地處理海量測序數(shù)據(jù),而且能得到質(zhì)量較高的重疊群。
本文詳細敘述了算法的原理
3、以及實現(xiàn)過程。為了存儲大量的讀取,在本文中使用了一種新的de Bruijn圖結(jié)構(gòu)。為了引入啟發(fā)式規(guī)則,決策表結(jié)構(gòu)是必要的。決策表中保存了正在參與拼接的讀取,后繼k-mer就是由這些讀取決定的。當選定后繼k-mer時,決策表需要更新。算法中通過不斷選取后繼k-mer,來擴展重疊群。故后繼k-mer的選取是一個非常重要的過程,只有選擇了正確的后繼k-mer才能得到質(zhì)量較高的重疊群。本文提出了讀取鎖定策略,即通過設(shè)置決策表中的鎖定位,將一些快
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 基于de Bruijn圖的DNA多序列比對并行算法研究.pdf
- 基于De Bruijn圖的宏基因組序列組裝算法研究.pdf
- 基于de Bruijn圖的短序列拼接算法的優(yōu)化及并行化.pdf
- 基于BWT的DNA從頭測序重疊群生成算法.pdf
- Power圖掃描生成算法的研究.pdf
- 基于多層深度圖的軟陰影生成算法.pdf
- 基于圖像的柱面全景圖生成算法研究.pdf
- 廣義de Bruijn圖和Kautz圖的距離控制數(shù).pdf
- 基于視頻流的全景圖生成算法研究.pdf
- 基于雙向de Bruijn圖的序列拼接并行化研究與實現(xiàn).pdf
- 基于CUDA的概念生成算法研究.pdf
- 雙向正方化樹圖生成算法.pdf
- 基于掌紋特征的密鑰生成算法研究.pdf
- 基于節(jié)點的局部網(wǎng)格生成算法研究.pdf
- De Bruijn序列的構(gòu)造原理及方法.pdf
- 概念格的生成算法.pdf
- 橢圓生成算法的研究
- 關(guān)于高階Voronoi圖快速生成算法的研究.pdf
- de Bruijn圖與Kautz圖的k元控制數(shù)和特殊圈.pdf
- 基于指紋特征的密鑰生成算法研究.pdf
評論
0/150
提交評論