黃鱔源遲緩愛德華氏菌的鑒定、分型及全基因組測序.pdf

1、本研究從發(fā)病黃鱔體內(nèi)分離出一株細菌，命名為ASE201307。通過表型和分子鑒定，確定ASE201307為遲緩愛德華氏菌。擴增了ASE201307的16S rDNA、gyrB基因、dnaK基因、pyrG基因和phoR基因5個管家基因，進行基于多位點序列分析的分型研究，補充了中國境內(nèi)遲緩愛德華氏菌的分型種類。進一步對ASE201307進行全基因組測序，并參考已經(jīng)公布的分離自不同地域和宿主的遲緩愛德華氏菌全基因組序列，進行了比較基因組學分析

2、。主要研究結(jié)果如下:
　　1.發(fā)病黃鱔的主要癥狀為肛門紅腫，體表和內(nèi)臟出血。從發(fā)病黃鱔肝、脾、腎分離純化得到一株純凈的細菌，命名為ASE201307。表型和分子鑒定結(jié)果顯示:ASE201307為短桿狀革蘭氏陰性菌，16SrDNA和gyrB基因序列與遲緩愛德華氏菌相似性99％，系統(tǒng)發(fā)育分析顯示與愛德華氏菌屬聚為一支，具有產(chǎn)吲哚、產(chǎn)H2S、葡萄糖產(chǎn)氣等遲緩愛德華氏菌特有的生理生化特性。人工感染實驗表明:ASE201307為本次黃鱔發(fā)病

3、的致病菌，半數(shù)致死劑量為1.0×106CFU/mL，屬于高毒株。藥敏試驗結(jié)果顯示:ASE201307對氯霉素、氟苯尼考、復方新諾明、環(huán)丙氟哌酸等抗生素敏感，對青霉素、阿莫西林等β內(nèi)酰胺類抗生素耐藥，這可能與遲緩愛德華氏菌分泌的β內(nèi)酰胺酶有關(guān)。
　　2.擴增了遲緩愛德華氏菌ASE201307的16S rDNA、gyrB基因、dnaK基因、pyrG基因和phoR基因5個管家基因，并從NCBI上下載了分離自不同地域宿主的10株遲緩愛德華

4、氏菌和1株鮰愛德華氏菌的5個管家基因作為參考序列，進行基于多位點序列分析的分型研究。結(jié)果表明:單個基因和串聯(lián)基因的系統(tǒng)發(fā)育樹拓撲結(jié)構(gòu)相似，ASE201307均與標準菌株聚為一支。這與目前國內(nèi)外研究中魚類致病性遲緩愛德華氏菌與鮰愛德華氏菌具有較近親緣關(guān)系的研究結(jié)果不同，ASE201307應為遲緩愛德華氏菌的一個新的基因分型。在之前將魚類致病性遲緩愛德華氏菌分為北方鲆鰈類和南方鰻鱺類的基礎上，我們將ASE201307定義為中部黃鱔類，這一發(fā)

5、現(xiàn)補充了我國魚類致病性遲緩愛德華氏菌的分型類型。
　　3.對遲緩愛德華氏菌ASE201307進行全基因組測序，并選取參考菌株進行比較基因組分析。結(jié)果顯示:ASE201307基因組組裝序列總長度為3.68M，GC含量為57.09％，功能基因主要集中在KEGG蛋白數(shù)據(jù)庫中環(huán)境信息處理、遺傳信息處理和代謝三大類，COG蛋白數(shù)據(jù)庫中糖類、氨基酸、輔酶等物質(zhì)的轉(zhuǎn)運和代謝三大類，GO蛋白數(shù)據(jù)庫中代謝過程和細胞生理過程兩大類。比較基因組分析中的