牛黑素皮質(zhì)激素受體1（MC1R）基因單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)（SNP）與毛色表型的分析.pdf

1、利用克隆測序技術(shù)檢測牛MC1R基因的單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)(SNP)，分析該多態(tài)性與牛毛色表型關(guān)系，為遺傳育種研究提供分子生物學(xué)依據(jù)，為其近緣種屬基因的進(jìn)一步研究提供理論基礎(chǔ)。本實(shí)驗(yàn)采集了天祝白牦牛、九龍牦牛、麥洼牦牛、西藏牦牛、涪陵水牛和通江黃牛共計(jì)6個(gè)品種32個(gè)個(gè)體的新鮮耳組織并提取DNA，記錄毛色表型，利用生物信息學(xué)方法對(duì)MC1R基因的序列進(jìn)行分析，主要得出以下結(jié)論： 1、本實(shí)驗(yàn)測定的牛MC1R基因，擴(kuò)增片段全長1045bp，包

2、含了完整的CDS區(qū)序列954bp，編碼318個(gè)氨基酸，T、C、A、G的平均含量分別為22.9％(22.7％～23.1％)、35.8％(35.6％～36.0％)、15.0％(14.9％～15.2％)、26.3％(26.2％～26.4％)。A+T含量為37.9％，G+C含量為62.1％，A+T含量低于G+C的含量； 2、在牛MC1R基因編碼區(qū)序列954個(gè)位點(diǎn)中共檢測到23個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，占總的分析位點(diǎn)的2.41％，包括3個(gè)顛換(13.0

3、4％)，19個(gè)轉(zhuǎn)換(82.61％)，1個(gè)缺失(4.35％)。七個(gè)跨膜功能域各自存在變異位點(diǎn)。其中單一多態(tài)位點(diǎn)(Singletonpolymorphicsites)20個(gè)，占86.96％；簡約信息位點(diǎn)(Parsimonyinformativepolymorphicsites)2個(gè)，占8.69％；缺失1個(gè)，占4.35％。其中有12個(gè)位點(diǎn)的變異發(fā)生在密碼子的第一位點(diǎn)，7個(gè)位點(diǎn)的變異發(fā)生在密碼子的第二位點(diǎn)，4個(gè)位點(diǎn)的變異發(fā)生在密碼子的第一位點(diǎn)；

4、 3、在32個(gè)個(gè)體中共發(fā)現(xiàn)14種單倍型，24個(gè)個(gè)體表現(xiàn)為純合子基因型，8個(gè)個(gè)體表現(xiàn)為雜合子基因型； 4、發(fā)現(xiàn)牛MC1R編碼區(qū)126處存在一處特殊的SNP(單核苷酸多態(tài)性)，我們所測6個(gè)品種32頭牛此位置都為C，而GenBank注冊(cè)的外國牛種(荷斯坦奶牛AF445641、AF445642、AF445646、NM174108)的序列為T： 5、MC1R基因序列具有多態(tài)性，表現(xiàn)為4種等位基因：已見報(bào)道的E+，e和本研究