牛黑素皮質(zhì)激素受體1（MC1R）基因單核苷酸多態(tài)位點（SNP）與毛色表型的分析.pdf

1、利用克隆測序技術(shù)檢測牛MC1R基因的單核苷酸多態(tài)位點(SNP)，分析該多態(tài)性與牛毛色表型關(guān)系，為遺傳育種研究提供分子生物學(xué)依據(jù)，為其近緣種屬基因的進一步研究提供理論基礎(chǔ)。本實驗采集了天祝白牦牛、九龍牦牛、麥洼牦牛、西藏牦牛、涪陵水牛和通江黃牛共計6個品種32個個體的新鮮耳組織并提取DNA，記錄毛色表型，利用生物信息學(xué)方法對MC1R基因的序列進行分析，主要得出以下結(jié)論： 1、本實驗測定的牛MC1R基因，擴增片段全長1045bp，包

2、含了完整的CDS區(qū)序列954bp，編碼318個氨基酸，T、C、A、G的平均含量分別為22.9％(22.7％～23.1％)、35.8％(35.6％～36.0％)、15.0％(14.9％～15.2％)、26.3％(26.2％～26.4％)。A+T含量為37.9％，G+C含量為62.1％，A+T含量低于G+C的含量； 2、在牛MC1R基因編碼區(qū)序列954個位點中共檢測到23個多態(tài)位點，占總的分析位點的2.41％，包括3個顛換(13.0

3、4％)，19個轉(zhuǎn)換(82.61％)，1個缺失(4.35％)。七個跨膜功能域各自存在變異位點。其中單一多態(tài)位點(Singletonpolymorphicsites)20個，占86.96％；簡約信息位點(Parsimonyinformativepolymorphicsites)2個，占8.69％；缺失1個，占4.35％。其中有12個位點的變異發(fā)生在密碼子的第一位點，7個位點的變異發(fā)生在密碼子的第二位點，4個位點的變異發(fā)生在密碼子的第一位點；

4、 3、在32個個體中共發(fā)現(xiàn)14種單倍型，24個個體表現(xiàn)為純合子基因型，8個個體表現(xiàn)為雜合子基因型； 4、發(fā)現(xiàn)牛MC1R編碼區(qū)126處存在一處特殊的SNP(單核苷酸多態(tài)性)，我們所測6個品種32頭牛此位置都為C，而GenBank注冊的外國牛種(荷斯坦奶牛AF445641、AF445642、AF445646、NM174108)的序列為T： 5、MC1R基因序列具有多態(tài)性，表現(xiàn)為4種等位基因：已見報道的E+，e和本研究