豬黑素皮質(zhì)素受體1mc1r基因與毛色表型相關(guān)及539;utr變異研究

1、河北農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文豬黑素皮質(zhì)素受體1（MC1R）基因與毛色表型相關(guān)及5'UTR變異研究姓名：頓桂玲申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：動物遺傳育種與繁殖指導(dǎo)教師：曹洪戰(zhàn);李祥龍20070602S t u d y O i lt h eR e l a t i o n s h i pb e t w e e n M e l a n o c o r t i n R e c e p t o rI ( M C I R ) G e n e a n d

2、 C o l o rP h e n o t y p e i nP i g sa n d i t sV a r i a t i o no f 5 ’U T RP o s t g r a d u a t e ：D u n G u i l i n gD i r e c t i o n ：M o l e c u l a rQ u a n t i t a t i v e G e n e t i e sa n d A n i m a l B r e

3、 e d i n gT u t o r ：．C a nH o n g z h a n P r o f e s s o rL iX i a n g l o n g P r o f e s s o rA b s t r a c tC o a t c o l o r i sak i n do f a v a i l a b l e g e n e t i c m a r k e r ．I tp l a y s a l l i m p o r

4、t a n t r o l ei nd e t e r m i n i n g c r o s s i n gc o m b i n a f i o l I ，b r e e d p u r l t ya n d p h y l o g e n a s i s ．M e l a n o c o r t i n R e c e p t o rI ( M C l m G e n e i s a c a n d i d a t e g e n

5、 ef o rc o a tc o l o r h e r e d i t y ．S e q u e n c e s o f p i g 朋a 置g e n ew e r e a l i g n e d w i l 量I B i o e d i t s o f t w a r e ．T w om u t a t i o n s ，C C C i n s e r t i o n a t 8 9 4 s i t e ( n t 8 9 4

6、i n s C C C ) a n d G l l 9 7 A ，w e r e f o u n d i n L a n d r a c e ( A Y 3 6 5 2 5 3 )a n d Y o r k s h i r e ( A Y 3 6 5 2 5 5 ) , w h e r e a s K i j a s r e p o r t e d t h a t t h e r e a ∞C C i n s e 蚯∞a t 8 9 4

7、 s i t e ．C 1 3 1 8 T a n dG 1 5 5 4 A m u t a t i o n s w e r e f o u n d i n p a r t i a l D u r o c i n d i v i d u a l s ．F o r i n s t a n c e ．A Y 9 1 6 5 2 4 h a s n ’t C l 3 1 8 Ta n d A Y 9 1 6 5 2 3 h a s h ’tG

8、 1 5 5 4 A ，h o w e v e r 硒i 鷂r e p o r t e d t h e t w o m u t a t i o n s e x i s t e di n a l lD u r o ci n d i v i d u a l s ．F o u r p r i m e r s w e r e d ％i g n e d w i t hp i gs e q u e n c e ( A F 3 2 6 5 2 m f

9、 r o m G e n B a n k , w h i c h u s e d t oa m p l i f l c a t et h e c o d i n g r e g i o n o f M C I R g e n e ．T h em u t a t i o n so f c o d i n g r e g i o n w e r e i n v e s f i g a t e d w i t hP C R - R J 吧P

10、a n d P C R - S S C P ．R e s u l t r e v e a l e dt h a ta l It h e i n d i v i d u a l s j 1 IL a n d a n c e a n d Y o r k s h i r e h a v eC C i n s e r t i o na t8 9 4 s i t ea n d p r e s e n t G 1 1 9 7 A m u t a t

11、 i o n ．a(chǎn) n d a l l o f t h e i n d i v i d u a i s i nD u r o c p r e s e n tC 1 3 1 8 T a n d G l 5 5 4 A m u t a t i o n s ．N o h e t e r o z y g o t e w a s f o u n d a t t h e s e m u t a t i o n s i t e s ．n t 8 9

12、4 i a s C C c a l l $ 簋af f a m e s h i f l m u t a t i o n t h a ti n ．e d u c e sap r e m a t u r es t o pa tc o d o n 5 6a n d m a k e s G l l 9 7 A b e c o m en o n s e n s e d tc o u l db e i n f e r r e d t h a tn

13、t 8 9 4 i n s C C m i g l l tb e a s s o c i a t e dw i t ht h e w h i t e c o l o r i nL a n d r a e ea n dY o r k s h i r eb r e e d ．C 1 3 1 8 T a n d G 1 5 5 4 A m u t a t i o n s i nD u r o c r e a n l t i l l g i n

14、A 1 a 1 6 4 V a l a n d A 1 a 2 4 m rr e s p e c t i v e l y m i g h t b e 1 0 s so f f u n c t i o nm u t a t i o n s a n d g i v er i s et ot h e r a t i oo f 口h a e o m e l a n i r d e n m e l a n i na s s o c i a t i

15、 n gw i t h t h e r e c e s s i v er e d c o l o r ．T o 咖d y t h e r e l a t i o n s h i pb e t w e e n M C I R g e n e P o l y m o r p h i s m sa n d p i g c o a t c o l o r f u r t h e r , P o l y m o r p h i s m ss c

16、r e e n i n g o f 5 ’硼t h a s a l s o b e e n d o n e ．A c c o r d i n g t oA F 3 2 6 5 2 0 ．o n e p a i ro f p r i m e r s w a s d e s i g n e d t oa m p l i f i c a t e 5 ’U ⅡL s e q u e n c e ．T w oi n d i v i d u a l

17、 s f r o me v e r y b r e e d sw c l ' e s e l e c t e d 幻b es e q u e n c e d ．G 6 6 8 C w a sf o u n d i nD u f o c i n d i v i d u a l s ．P C R ．R F L Pa n a l y s i ss h o w e d t h a ta UD n r o c i n d j v i d

18、u a l sh a d 6 6 6 8 C m u t a t i o na n d n oh e t e r o z ' y g o t e w a sf o u n d ．G6 6 8 C i I l 5 ’唧【p e r h a p s a c t s o n b o t h t r a n s c r i p t i o n a Ia n d p o s t - W a n s o r i p t i o n a l

19、l e v e l a n d i n t l u e n c e s 腳J Re x p r e s s i o n ．S o i t c o u l d b e i n f e r r e d t h a t G 6 6 8 c ’C 1 3 1 8 T a n d G l 5 5 4 A m i 曲t b e a s s e e i a t e d w i t h t h er e c e s s i v er e d c o l

20、 o ro f D o r o c ．F i n a l l y , w e i I l v e s t i g a t e dt h e g e n e t i od i s t a n c ef o r 5 ’U T R o f d i f f e r e n ts p c c i a ，P r i m e r s w e r e d e s i g n e da o c o r d i n g t oc a t t l el ∞1

21、 ] u e ' o c eA F 4 4 5 6 4 1 f o r a m p l i f i c a t i n g 5 ’U n I o f g o a ta n d s h e e p w i t h d i f f e r e n t c o a t c o l o r ．A t i e r s e q u e n c i n g , 1 1m u t a t i o n s ，T 8 6 C ‘G 1 0 4 A

22、，1 2 7 G ( d e l e t i o n ) ，C 1 2 9 T , 2 3 3 _ 2 3 6 1 3 1 3 A C ( d e l e d o n ) ，G 2 9 6 A , c 3 5 3 T ’G 5 4 4 A ，C 5 8 2 T , A S 8 3 Q C 5 9 4 A w e r e f o n n d b e f w e e ng o a t a n ds h e e p ．3 S i n g l

23、e N u c l c o t i d e P o l y m o r p h i s m s ( s t e P S ) ，G 2 9 6 A , A 5 4 4 G , T 1 2 9 C w m f o u n d i nS u f f o l k w h i l e a l i g n i n g w i t h S m a l l T a i l e d H a n S h e e p , M o n g o l S h e

24、e p a n d T i b c t S h e e p ．N o V a r i a t i o n sw e l ' ef o u n d i ng o a t ．M o l e c u l a r p h y l o g e n e t i ct r e e s w e r e m a d e w i t ht h e t h i r t e e n5 ’U T R s e q u e u c e 8i n c l u