兩品種鴨法氏囊差異表達基因、miRNA的富集及驗證.pdf

1、遺傳效應是決定動物機體抗病力強弱的主要因素之一。有資料表明，地方鴨品種往往比經過系統(tǒng)選育的肉鴨品種表現(xiàn)出更強的抗病力，二者在不同階段免疫器官的發(fā)育也存在差異，免疫相關指標所反映出的抗逆能力也不盡相同。為研究地方鴨和培育鴨品種在抗病力上存在差異的原因，擬以建昌鴨(JCH)和農華肉鴨(PK)為試驗對象，構建建昌鴨和農華肉鴨4周齡法氏囊混合組織樣(JCF、PKF)的數(shù)字基因表達譜(DGE)，并進行小RNA測序，獲得兩品種鴨法氏囊組織中的差異表

2、達基因及miRNA，采用qRT-PCR技術對篩選出的部分差異表達基因和miRNA進行驗證，并將二者進行聯(lián)合分析，試圖找到影響兩品種鴨抗病能力的關鍵基因及關鍵miRNA，為鴨的免疫調控機制及抗病育種研究提供參考。試驗結果表明:
　　DGE結果中，JCF共獲得18870755個reads，經過濾得到18438616個clean reads;PKF共獲得14281414個reads，經過濾得到13983876個clean reads。相

3、對于PKF，JCF有95個表達上調基因、100個表達下調基因。通過對差異表達基因的GO(Geneontology)分析，發(fā)現(xiàn)差異表達基因主要被富集到蛋白代謝、高分子代謝及核糖體組分中;通過差異基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析，發(fā)現(xiàn)在剪切體相關通路、RNA轉運過程、RNA降解過程、Jak-STAT信號通路、TNF信號通路及B細胞受體信號通路等均有差異基因富集。篩選出差異顯

4、著的與免疫相關的10個差異表達基因并對其進行qRT-PCR驗證。通過檢測這些基因在JCF中3、4、5周齡(W3、W4、W5)時對于PKF相對表達量的變化倍數(shù)，發(fā)現(xiàn)W3時有7個基因相對表達量的變化趨勢與預測結果一致，W4和W5時僅有3個基因的驗證結果與預測結果一致。
　　小RNA測序在JCF和PKF中分別獲得11496755和11962192個reads，經過濾分別得到8234150和8105240個clean reads。相對于P

5、KF，JCF中總共篩選出23個上調miRNAs、41個下調miRNAs。JCF中預測到的新miRNA有26種，PKF中有27種。通過對miRNA候選靶基因進行GO分析，靶基因主要在細胞組分被富集，通過KEGG分析，結果發(fā)現(xiàn)在代謝通路有最多的靶基因被富集，其他如癌癥信號通路、腸道生成IgA的免疫網絡、細胞因子間受體互作及甲型流感等通路中均有顯著的靶基因被注釋。對篩選出的差異最為顯著的10個miRNA進行qRT-PCR驗證。通過檢測JCF中

6、差異miRNA對于PKF相對表達量的變化倍數(shù)，結果發(fā)現(xiàn)W3、W4、W5時均有7個及以上的miRNA的變化趨勢與預測結果一致。
　　通過對差異表達基因和差異miRNA進行聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)差異miRNA的表達發(fā)生變化時，對應的靶基因的表達均發(fā)生顯著變化。GO分析結果顯示miRNA的靶基因主要富集到代謝過程，KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)miRNA的靶基因主要富集在核糖體信號通路、內質網蛋白過程及RNA降解過程中。
　　綜上所述，建昌鴨和農華