兩品種豬快慢肌纖維差異表達基因鑒定與通路分析.pdf

1、豬肉是我國肉類蛋白質(zhì)食物的主要來源之一，養(yǎng)豬業(yè)在我國農(nóng)業(yè)中占有舉足輕重的地位。肉質(zhì)受到肌纖維性狀的影響，其中，肌纖維類型被認(rèn)為是影響肉質(zhì)的重要因素之一。遺傳背景及人工選育方式的不同，造成了中外豬種在生產(chǎn)性狀方面存在很大的差異。陸川豬作為我國特有的豬種資源，具有肉質(zhì)優(yōu)良的種質(zhì)特性;大白豬作為西方豬種的代表性品種，雖然在生長速度方面具有優(yōu)勢，但是其相對較差的肉品質(zhì)已不滿足于消費者的需求。通過高通量測序的技術(shù)來分析品種間/不同特性的肌肉間的差

2、異是一種高效科學(xué)的方法，對轉(zhuǎn)錄組的分析，可以讓我們知道究竟是哪些基因或者通路造成了這些性狀上的差異。本研究通過對品種間以及快慢肌間進行了表型和轉(zhuǎn)錄組差異的分析，初步探索了產(chǎn)生差異的原因，為培育出符合畜牧業(yè)發(fā)展需求的優(yōu)秀豬品種提供了素材。
　　主要研究結(jié)果如下:
　　1、運用石蠟切片、HE染色、免疫組織化學(xué)技術(shù)，對陸川豬和大白豬的比目魚肌、趾長伸肌、股二頭肌和背最長肌進行了肌纖維表型的試驗與分析。結(jié)果顯示，在這四塊肌肉中陸川豬

3、肌纖維直徑均顯著小于大白豬。在品種間的比較中，比目魚肌和背最長肌中慢肌纖維所占比例，陸川豬要顯著低于大白豬，但是趾長伸肌和股二頭肌中慢肌纖維比例，陸川豬卻要顯著高于大白豬;在陸川豬上，慢肌纖維的比例:股二頭肌＞比目魚?。局洪L伸肌＞背最長肌;大白豬上，慢肌纖維的比例:比目魚?。颈匙铋L?。竟啥^?。局洪L伸肌。
　　2、運用高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，成功對陸川豬和大白豬的比目魚肌和趾長伸肌進行了RNA-Seq建庫測序，數(shù)據(jù)質(zhì)檢合格后對基因的

4、表達水平進行了分析。結(jié)果顯示，各分組間基因整體表達量基本相同;在所有樣本中，大約有超過24，500個基因表達，其中有16，404個基因在所有樣本中表達;品種特異性表達的基因，陸川豬中有825個，大白豬有366個，而在兩品種內(nèi)均表達的基因有17，248個;所有樣本中，轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)剪切、轉(zhuǎn)錄終止位點(TTS)剪切是兩種分布最多的剪切類型，在所有樣本中約占總可變剪切事件的80％。
　　3、對各比較組進行了差異表達基因的篩選，最

5、終得到了的差異表達基因中有754個已知基因;在這些基因中，有229個基因在品種間兩個比較組中均差異表達;有14個基因在肌肉間兩個比較組中均差異表達，為三個比較組所共有的基因共有20個，已知基因有17個。
　　4、對篩選出的差異表達基因以比較組為單位，分別進行GO分析，分別有59(YSOL vs YEDL)、32(LEDL vs YEDL)和77(LSOLvs YSOL)個GO term被富集。這些被顯著富集到的GO term包括一

6、些與肌肉骨骼生長發(fā)育(muscle organdevelopment、skeletal system development、skeletal muscle tissue development)、能量代謝相關(guān)(gluconeogenesis、lipid storage、monosaccharide metabolic process)和離子轉(zhuǎn)運（metal ion transport、organic anion transport）等

7、生物學(xué)過程;hexose metabolicprocess、 glucose metabolic proces、 monosaccharide metabolic process、 rhythmicprocess，這四個GO term在三個比較組中均被富集。
　　5、對差異表達基因進行KEGG分析后發(fā)現(xiàn)，四個比較組的差異表達基因最終分別顯著富集到了16(LSOLvsYSOL)、11(LEDLvsYEDL)、4(LSOLvsLEDL