基于RiceWiki的水稻抗逆基因?qū)従幣c分析.pdf

1、二代測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展和大規(guī)模生物學(xué)數(shù)據(jù)的累積，加速了舊數(shù)據(jù)的更新和淘汰，導(dǎo)致數(shù)據(jù)的處理速度遠(yuǎn)落后于數(shù)據(jù)的產(chǎn)生速度。維基為解決這些問(wèn)題提供了平臺(tái)。近些年來(lái)，維基已成功應(yīng)用于生物學(xué)，形成了生物維基。審編(Curation)在國(guó)外是一種職業(yè)，但在中國(guó)是一個(gè)嶄新的領(lǐng)域。審編的主要步驟是將數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，將其格式化和統(tǒng)一化，得到方便檢索的數(shù)據(jù)，形成數(shù)據(jù)庫(kù)。
　　水稻作為人類最重要的糧食之一，得到了生物學(xué)家們廣泛的關(guān)注和研究。在水稻大數(shù)據(jù)的時(shí)

2、代背景下，僅依靠專業(yè)的審編人員已不能滿足數(shù)據(jù)處理的需求。于是以維基百科為平臺(tái)，構(gòu)建了RiceWiki水稻數(shù)據(jù)庫(kù)。群體審編是RiceWiki的基礎(chǔ)，RiceWiki致力于集合全體研究人員的智慧，為構(gòu)建一部完整的水稻維基百科數(shù)據(jù)庫(kù)提供了可能性。
　　水稻會(huì)受到生物脅迫和非生物脅迫的壓力，這些壓力會(huì)造成產(chǎn)量減少甚至植株死亡。因此對(duì)水稻抗逆基因及其機(jī)制的研究是當(dāng)前的首要任務(wù)。本論文中的工作內(nèi)容和結(jié)果如下:
　　(1)收集了文獻(xiàn)中耐鹽

3、、耐旱、耐熱、耐寒、抗植株矮小、抗倒伏、抗白葉枯病、抗稻瘟病這8種抗逆性的水稻基因，共計(jì)500個(gè)。
　　(2)以RiceWiki為平臺(tái)，對(duì)搜集的水稻抗逆基因進(jìn)行審編，并將審編后的信息發(fā)布到RiceWiki網(wǎng)站上。
　　(3)對(duì)搜集的500個(gè)水稻抗逆基因進(jìn)一步分析。首先對(duì)500個(gè)抗逆水稻之間的蛋白互作進(jìn)行了分析，得到了61個(gè)蛋白質(zhì)間的78個(gè)蛋白互作。共表達(dá)分析表明有明顯共表達(dá)趨勢(shì)的蛋白對(duì)占21.61％，進(jìn)一步表明了這些抗逆基因