基于RAD簡化基因組測序技術(shù)的13種中國地方優(yōu)良雞品種SNPs多態(tài)性圖譜構(gòu)建及群體遺傳學分析.pdf

1、SNPs遺傳分子標記的開發(fā)和應用是數(shù)量性狀和群體遺傳學研究聚焦的關(guān)鍵點。RAD簡化基因組測序技術(shù)是近年來基于限制性酶切的簡化基因組高通量測序技術(shù)進行SNP開發(fā)最為有效、經(jīng)濟的方法之一。然而,迄今為止在家禽方面,尚未有關(guān)RAD簡化基因組高通量測序相關(guān)研究報道。因此,有必要將這種SNPs遺傳分子標記開發(fā)新技術(shù)引入到家禽行業(yè),為家禽群體遺傳學研究和遺傳分子標記開發(fā)提供新的方法和手段。
　　實驗以13種中國地方雞品種為主要研究對象,以及3

2、種引進雞品種為主要參照群體,共72個樣品,利用RAD簡化基因組測序技術(shù)對其進行高通量測序。經(jīng)高通量測序平臺 Hiseq2000測序共產(chǎn)生620 million有效Reads,平均每個個體檢測到75,587個SNPs,群體內(nèi)共有474,933個SNPs,對其過濾后28,896SNPs得到確認,并且有15,404個SNPs新發(fā)現(xiàn)的SNPs,約占53.3％;實驗獲得了這些群體的SNPs多態(tài)性遺傳圖譜,各群體SNPs數(shù)量從從30,763到181

3、,507不等,平均群體SNPs數(shù)量為101,108;。群體遺傳學分析發(fā)現(xiàn),13種中國地方雞品種比3種引進雞品種雜合度高,說明中國地方雞群體的遺傳多態(tài)性較高,還存在很大的選育潛力和空間。另外,通過群體Pairwise Fst分析、群體聚類分析和系統(tǒng)進化樹分析發(fā)現(xiàn)中國地方雞品種與引進雞品種差異較大,具有獨特的遺傳多樣性,需要得到更多的關(guān)注。
　　通過本實驗得出如下結(jié)論:一是RAD簡化基因組測序技術(shù)在雞以及畜禽上應用是可行的。二是可進行