基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的DNA多態(tài)性檢測(cè)軟件AgroMarker Finder的開發(fā),以及它在水稻分子標(biāo)記輔助育種中的應(yīng)用.pdf

1、快速、準(zhǔn)確的開發(fā)全基因組范圍的分子標(biāo)記，對(duì)分子標(biāo)記輔助育種和功能基因組學(xué)研究是至關(guān)重要的。在本論文的工作中，我們開發(fā)了一個(gè)整合性的軟件，命名為AgroMarker Finder。這個(gè)軟件提供了一個(gè)圖形用戶界面（GUI）以方便簡(jiǎn)化基因組測(cè)序數(shù)據(jù)（RAD-seq）的分析。我們利用AgroMarker Finder，在水稻品種——JP69和交源5A之間開發(fā)了90,743個(gè)高質(zhì)量的分子標(biāo)記，其中SNPs有82,878個(gè)，InDels有7,865

2、個(gè)。SNPs標(biāo)記的密度是0.2個(gè)/Kb，InDels的密度是0.02個(gè)/Kb，這些多態(tài)性不均勻的分布在水稻的12條染色體上。其中，12.2％的多態(tài)性會(huì)引起位于編碼區(qū)的非同義替換，在這之中有0.49%的多態(tài)性會(huì)產(chǎn)生缺失的或延長(zhǎng)的蛋白質(zhì)。測(cè)序驗(yàn)證這些分子標(biāo)記后，結(jié)果顯示我們所開發(fā)的分子標(biāo)記的準(zhǔn)確率約為93%。通過(guò)該軟件，我們發(fā)現(xiàn)并驗(yàn)證了82個(gè)SNPs和31個(gè)InDels與117個(gè)重要的農(nóng)藝性狀基因緊密連鎖。除此以外，我們利用AgroMark