嚴(yán)重急性呼吸道綜合征（SARS）的分子流行病學(xué)研究.pdf

1、我們總結(jié)了在2002~2003疾病流行期間在廣東省SARS的流行病學(xué)資料,將整個(gè)流行過(guò)程劃分為早期、中期和晚期三個(gè)時(shí)期.收集了2002~2003期間的24個(gè)病人的提取物或病毒株樣本29個(gè),包含了SARS流行的早、中、晚各期,并對(duì)這29個(gè)樣本進(jìn)行了病毒全基因組測(cè)序.結(jié)合GenBank中早、中、晚各期的SARS冠狀病毒序列32條,以及果子貍SARS樣冠狀病毒序列2條,進(jìn)行了SARS冠狀病毒的基因組比較研究和分子流行病學(xué)研究.2003/200

2、4廣州地區(qū)新病例具有發(fā)病癥狀輕,沒(méi)有發(fā)生人際傳播事件的特點(diǎn),對(duì)2003/2004新發(fā)病例中的兩例進(jìn)行了SARS冠狀病毒的全基因組測(cè)序,并測(cè)出了三只果子貍SARS樣冠狀病毒的全基因組序列.2003/2004的病毒序列同2002/2003的病毒序列比較分析的結(jié)果顯示,二者之間存在較大差別.在2003/2004的病人及果子貍的病毒序列全部都含有29nt插入片段,同2002/2003早期病人相同,再次提示29nt的片段缺失很可能是在人際傳播過(guò)程

3、中發(fā)生的,這對(duì)病毒的活性有何影響還有待于進(jìn)一步研究.多序列比較的結(jié)果在2003/2004病毒序列上發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不同于2002/2003病毒的變異,包括在S蛋白、Orf1ab和Orf3a等的變異都值得引起注意.新發(fā)病例在病毒序列上比2002/2003早期病人更接近果子貍序列,進(jìn)化樹(shù)分析展示了果子貍→2003/2004病人→2002/2003早期病人→2002/2003中、晚期病人的進(jìn)化距離遠(yuǎn)近關(guān)系.對(duì)2003和2004果子貍SARS樣冠狀病

4、毒的序列比較,發(fā)現(xiàn)這兩年的病毒序列也有較大差異,S蛋白非同義變異速率與同義變異速率比值Ka/Ks>1,說(shuō)明病毒在果子貍中也受到正向選擇的壓力,提示病毒進(jìn)入果子貍的時(shí)間并不長(zhǎng),因此果子貍可能是一個(gè)病毒的新宿主,還有必要繼續(xù)尋找SARS冠狀病毒的其他宿主來(lái)源.根據(jù)研究結(jié)果推測(cè)SARS冠狀病毒進(jìn)入人體的路線為:病毒的原始宿主(與果子貍生物圈相重疊的動(dòng)物)→果子貍→最早期病人→發(fā)生突變→早期病人→發(fā)生重要突變→中、晚期爆發(fā)傳播.研究結(jié)果表明,S