四種生態(tài)型蘆葦遺傳多樣性及PcTGD生物信息學分析.pdf

1、蘆葦 (Phragmites communis Trin．)是一種多年生草本植物，其典型生境為水沼，河流及其周邊地帶．但它可適應廣泛甚至高度不良的陸地生態(tài)環(huán)境，并演化出多種生態(tài)型．甘肅河西走廊廣泛分布有蘆葦的四種生態(tài)型，根據其生境特征分別稱作：水生蘆葦，沙丘蘆葦，輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦．長期以來針對四種生態(tài)型蘆葦的植物生理、生化及分子生物學等不同方面已進行了大量的研究，本文在前期工作的基礎上利用RAPD和等位酶方法分析了四種生態(tài)型蘆

2、葦的遺傳多樣性，并用生物信息學方法對在沙丘蘆葦根莖中特異表達的胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脫水酶(PcTGD)進行了序列分析和結構預測．主要結果總結如下： 1、四種生態(tài)型蘆葦的多態(tài)位點百分率(P)的均值為34.1﹪，平均預期雜合度(He)為1.31，均高于植物在居群水平上的值，表現出較高的遺傳多樣性．而輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦P值在均值之下，水生蘆葦和沙丘蘆葦P值在均值之上，因此推測輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦是從水生蘆葦或沙丘蘆葦中進

3、化出去的。 2、遺傳距離的分析表明水生蘆葦和輕度鹽甸蘆葦的遺傳距離最大，沙丘蘆葦和重度鹽甸蘆葦的遺傳距離最?。甊APD和等位酶方法對遺傳距離的分析結果的差異趨勢是一致的。 3、種生態(tài)型蘆葦的內繁育系數(F)均小于0，而同時又具有一個較低的外交率，暗示者蘆葦雖然主要以營養(yǎng)方式繁殖，但在一個相對較長的時期，其繁殖方式并不是由無性的方式所主宰的。 4、沙丘蘆葦胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脫水酶(PcTGD)的序列分析．用Pro

4、tScale進行疏水性分析，GOR進行二級結構預測．結果為PcTGD在一級結構上以親水為主，螺旋、折疊及卷曲所占百分比分別為26.9﹪、23.4﹪和49.7﹪。 5、用PSORT II進行亞細胞定位的分析，多種方式的計算推測的結果均表明PcTGD的亞細胞分布最大可能是細胞質。 6、用BLASTP在PDB和SwissProt中搜索TGD的同源蛋白質，用CLUSTALW進行多序列比對．在MODELLER 中得到預測的三級結構