水稻齒葉矮縮病毒三個分離物S-,6--S-,10-片段的基因結(jié)構(gòu)特征分析.pdf

1、水稻齒葉矮縮病毒(Rice ragged stunt virus，RRSV)引起的水稻齒葉矮縮病是南亞和東南亞稻區(qū)的重要病毒病，是呼腸孤病毒科水稻病毒屬的典型代表。 本研究通過有機(jī)試劑抽提，CF-11纖維素柱層析，從感病水稻組織中獲取該病毒的全基因組雙鏈RNA。根據(jù)泰國分離物(TH)對應(yīng)片段的序列設(shè)計引物，通過RT-PCR技術(shù)成功地擴(kuò)增到RRSV福建長汀分離物、沙縣分離物和廣東信宜分離物S6-S10全序列，并連接到pMD-18T

2、載體上，轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α，質(zhì)粒雙酶切、質(zhì)粒PCR和質(zhì)粒PCR產(chǎn)物單酶切驗(yàn)證后經(jīng)測序得到全長序列。 對測序完成的RRSV福建長汀分離物、沙縣分離物和廣東信宜分離物S6-S10全序列進(jìn)行同源性分析，并對變異位點(diǎn)進(jìn)行統(tǒng)計。對這些片段測序所得的核苷酸序列初步分析表明，三個分離物S10，S7，與TH-S10 TH-S7核酸同源性都為99％；S6與TH-S6核酸同源性為98％；CT-S9和GD-S9與TH-S9核酸同源性都為99％，SX

3、-S9與泰TH-S9核酸同源性為94％；CT-S8和GD-S8與TH-S8核酸同源性都為99％，SX-S8核苷酸序列與TH-S8核酸同源性為93％。除SX-S6，SX-S7，SX-S8及GD-S7四個片段的某些堿基發(fā)生缺失，導(dǎo)致編碼框移位而使得這些片段的開放閱讀框(ORF)發(fā)生變化外，其它片段ORF與已報道的泰國分離物基因組對應(yīng)片段的ORF大小相同。 借助生物學(xué)軟件及相關(guān)在線分析工具進(jìn)行基于氨基酸序列的生物信息學(xué)分析，包括蛋白質(zhì)