水稻齒葉矮縮病毒三個分離物S-,6--S-,10-片段的基因結構特征分析.pdf

1、水稻齒葉矮縮病毒(Rice ragged stunt virus，RRSV)引起的水稻齒葉矮縮病是南亞和東南亞稻區(qū)的重要病毒病，是呼腸孤病毒科水稻病毒屬的典型代表。 本研究通過有機試劑抽提，CF-11纖維素柱層析，從感病水稻組織中獲取該病毒的全基因組雙鏈RNA。根據泰國分離物(TH)對應片段的序列設計引物，通過RT-PCR技術成功地擴增到RRSV福建長汀分離物、沙縣分離物和廣東信宜分離物S6-S10全序列，并連接到pMD-18T

2、載體上，轉化大腸桿菌DH5α，質粒雙酶切、質粒PCR和質粒PCR產物單酶切驗證后經測序得到全長序列。 對測序完成的RRSV福建長汀分離物、沙縣分離物和廣東信宜分離物S6-S10全序列進行同源性分析，并對變異位點進行統(tǒng)計。對這些片段測序所得的核苷酸序列初步分析表明，三個分離物S10，S7，與TH-S10 TH-S7核酸同源性都為99％；S6與TH-S6核酸同源性為98％；CT-S9和GD-S9與TH-S9核酸同源性都為99％，SX

3、-S9與泰TH-S9核酸同源性為94％；CT-S8和GD-S8與TH-S8核酸同源性都為99％，SX-S8核苷酸序列與TH-S8核酸同源性為93％。除SX-S6，SX-S7，SX-S8及GD-S7四個片段的某些堿基發(fā)生缺失，導致編碼框移位而使得這些片段的開放閱讀框(ORF)發(fā)生變化外，其它片段ORF與已報道的泰國分離物基因組對應片段的ORF大小相同。 借助生物學軟件及相關在線分析工具進行基于氨基酸序列的生物信息學分析，包括蛋白質